DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69901 N=C(N)C1C2C=NNc3ncnc(c32)N2C1CC1(O)CCCC21 TargetDiff 5CSO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69902 CC1=C(O)CC2=C1CC(C(=O)O)C(O)N(C)C(=O)N1CCC(C(O)C1)N1CNC3=C1C(CN3)O2 TargetDiff 5CSO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69903 CC1=NC2C(=N)N=CN(C(=O)C(C(O)CO)C(O)NC3CCC3O)C2=CC1 TargetDiff 5CSO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69904 CC(=N)C(=O)C1OC(C(F)(F)F)C(C(=O)NC2CCC3C=C(F)CC=C32)NC1=O TargetDiff 5CSO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69905 O=C1N/C=C2/NCc3cccc(c32)[C@H](CO)[C@H]1C[C@@H](O)C=C[C@H]1C[C@H](O)C[C@@H]1O TargetDiff 5CSO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69906 O=C(CP(O)O)OC(=O)OC(OP(=O)(O)O)C(O)C(O)C(=O)n1c(F)nc2c1NCC=NC2=O TargetDiff 5FSX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69907 O=C1CC(=O)N(CC2CCC(C(=O)O)C2)C=N1 TargetDiff 5FSX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69908 N=c1nnc2nc3n([nH]c1=2)C1(CO)C(O)C2C=CC(CO)N=CC2C1C3O TargetDiff 5FSX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69909 OC1CC2=C(C=CCN=C2)NC1CC1=C(S(O)(O)O)C=CC2=CC=CCC2N1 TargetDiff 5FSX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69910 N=C(NCO)OCC1=CN(C2(O)CCC(N3C=NC4=C5C3=NCC5CN4)O2)C=NC1C(=O)O TargetDiff 5FSX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69911 CC1C(NC2C=CCC(=O)C=C2O)CSC1S(O)(O)O TargetDiff 5FSX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69912 Cc1c(O)cc2c(c1C)N1C[C@@H](C=C3N=CCC=C(F)C3O)[C@@H](O)C(NO)=C1C=C2 TargetDiff 5FSX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69913 N=c1cnc(C(N)(O)C2=CCC(S(O)(O)O)=CC=C2)ncn1 TargetDiff 5FSX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69914 C=C1NCC(CN(C)C2c3cccc(O)c3C(=O)C2O)N1 TargetDiff 5FSX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69915 CC1=CCc2cc(C(=O)C(O)C3CCC4CCC(=O)NC4C3)cnc2O1 TargetDiff 5AHW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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