DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69961 C[C@@H]1C(=O)NC(=O)Cc2cncc(c2)NC2=CC(C=NC2)/C=C2/C=CC[C@H](C=NC=O)C[C@H]21 TargetDiff 4L9I ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69962 O=C(O)/[C]=C\CC=C=CC1=CCC=C2NC(Cc3ccc(O)cc3NC(=O)C(=O)O)CC12 TargetDiff 4L9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69963 N=c1ccc(C(O)C2C=C(F)CC(F)=CC2C(N)=O)ccn1 TargetDiff 5TCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69964 Cc1cccc(C2=C(OCCC(=O)O)C=C(F)CC=C2)c1 TargetDiff 5TCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69965 CC1CCNCC(C)C1(C)O.N=CC(C(=O)CCC(=O)O)C(C(F)F)C(F)(F)F TargetDiff 5TCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69966 O=C(C(F)C(F)(F)F)C(F)C(F)(F)C(F)F TargetDiff 5TCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69967 CS([O])([O])C1CCC(Oc2cccc3c2N=C(NCC(=O)O)C3C(F)F)=C1N TargetDiff 5TCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69968 O=C(O)CCCc1cc(F)ccc1CNC(=O)C1=CCOCC1 TargetDiff 5TCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69969 F.F.O=CNCCC(F)(F)[C@](F)(NC[C@@H]1CCC(=C2C=CCC=C2F)N1)[C@H](F)C(F)(F)C(F)F TargetDiff 5TCJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69970 CC1=C(NC(=O)C2CC3CCCC3(O)O2)C(C)C=CC1 TargetDiff 5TCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69971 CO[C@@H]1CC2C=C(O)C(=CN)C=C2[C@H]1Cl TargetDiff 5TCJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69972 COC(=O)C(O)(COC1C(O)C(O)C(O)C1c1ccc(C(=O)O)c(O)c1)NCCC(=N)C(O)(O)O TargetDiff 6IFT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69973 CC(O)(COC(CC1C=CC=CC=C1)C(O)C(=O)O)NC1OC(=O)C1NCO TargetDiff 6IFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69974 NC(O)C(=O)NCCC(O)COC(CO)C(O)C(=O)Nc1ccnnc1 TargetDiff 6IFT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69975 CC(CCCC1CC2C(NC1=O)OC(C1C=CC=NC=C1)CC(O)C2O)C(=O)O TargetDiff 6IFT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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