DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70021 CCOC1=[C]C(NC(=O)CCNC)=C=CC(c2ccnc3c2NCCC=C3)=C1 TargetDiff 4Z0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70022 CC1C=CC(C(O)C(CO)NC(=O)c2ccc3c(c2)COC3=N)=C2NC(=O)C(O)=C21 TargetDiff 4Z0K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70023 C=C(C(N)=O)C1=CC(=CCCCCC[C@H]2CC[C@@H](C)C2)C=NC1=N TargetDiff 4Z0K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70024 CCN(C(=O)Cc1cccc(ONC2C=C(C)N(C)C(C(=O)CC(O)C(F)(F)F)C2)c1)C(=O)C1COC2COCCC1C2 TargetDiff 5HTZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70025 CNC(c1ccc(O)c(C2(O)CCCCC2N)n1)C(OC)C1COCO1 TargetDiff 5HTZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70026 CC1CC(N)C(N)CCCC1C(C)C(C)C(=N)Cc1ccccc1 TargetDiff 5HTZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70027 CC1C=CC(C2C=CCC(CSC3CC4CNCC(N)(C3)C4O)=C2)C(OCC(N)=O)=C1 TargetDiff 5HTZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70028 CC1CCC(C2CCC2)C(N)CC1C(C)C1=CC(C2CNC2C)C=CC1 TargetDiff 5HTZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70029 NC1CCC(O)C1C(Cc1cc(CCCC2=CCC=CC2)cnn1)C(=O)O TargetDiff 5HTZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70030 CC(C)CC(=O)NNC(=N)CC(O)C1CCC1c1cccc(NN2CCC(C)C2)c1 TargetDiff 5HTZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70031 CC1CCCC2C(C)CC(CC3=CC(O)=CC(C(=O)O)N3)CC2C(O)C1N TargetDiff 5HTZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70032 C#CNC#COC1=CC=C(Cl)C(C2Cc3cc(C)cnc3C(N)C2)C=C1 TargetDiff 5HTZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70033 C1=CN2CCCC3CN=NC(=C32)N1 TargetDiff 6Q3Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70034 CCC(C)N1C(=O)CC2=C3C1=NC(C)C3=C1COCCNC(=O)C1C2 TargetDiff 6Q3Z ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70035 CC1/C=C\C2CCC(CCCC(C)C1O)C2 TargetDiff 6Q3Z ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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