Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
69991	NC(=O)C1=C2OC(NC3CCC(O)C3)C(C3C=CCN=C3)C2=C(F)C1	TargetDiff	6G5L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69992	CC1CC[S]=C(C(c2cccc(Cl)c2)c2cccc(O)c2OF)CC1	TargetDiff	6G5L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69993	CC1(C)C=C=C/C=C(/OC(=O)O)C=C=C(O)CN2C(=O)CCN3CCC(C3)OC3=CCC1C(=C3)C2=O	TargetDiff	6G5L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69994	CC(=O)N1C(=O)C2=CC(C)=CC3C=C(N)C(S(N)([O])[O])C=C(C4C=C(O)C=C(C)C41)C23	TargetDiff	6G5L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69995	CCCc1nc(Cl)nc2c1CC(S(O)(O)O)=C2CC	TargetDiff	6G5L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69996	CCC(C)C.Cc1c(C(C)CO)ccc(C(=O)O)c1O	TargetDiff	6G5L	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69997	CC(c1ccn(N2CCCCC2)c(=O)n1)C(NC(=O)NC1CCC(N)C1)C1Oc2ccccc21	TargetDiff	5EXN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69998	C=C(CN(C(=O)C1NCC2N3C(=CC12O)C(C)(O)OC3(O)c1ccc(C)cc1)c1ccccc1)C(C)C1=CCC=CC1	TargetDiff	5EXN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69999	CC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(=O)C(O)CCCC(c1ccccc1)P(=O)(O)O	TargetDiff	5EXN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70000	CCC1C=C2CC(C)C=CC2=CC1C(=O)N1CCC2=C3C(C=C4C=CCC=C42)CCC31	TargetDiff	5EXN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70001	COCC(C)N(Cc1ccc(C(=N)N)c(F)c1)C1CC=C(CN(CC(=N)N)C2CCCC2)C=C1O	TargetDiff	5EXN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70002	N=C(N)C1=CC2=C3C=CC=CC(C4C=NC5C=CCC=C5C(C(O)C(=O)O)N4)=C3CC2S1	TargetDiff	5EXN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70003	COP(O)O[C@@H](C)C[C@@H](O)[C@@H](OC(=O)[C@@H](O)C(O)[C@@H](NC(N)=O)C(C)=O)C(=O)[C@H]1C=c2cccc(N)c2=CC1CCC(=N)NN=CO	TargetDiff	5EXN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70004	N=C[C@H]1CN(C(=O)N2CCC(=O)N2)C[C@@H]1[C@H](Nc1ccccc1)C(=O)C=CCc1cccc(N)c1	TargetDiff	5EXN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70005	CC[C@H](C=C(CO)[C@H](C)N[C@@H]1CCCO1)CCCC(C(=O)NCCC(C)(C)O)c1ccc(Cl)cc1	TargetDiff	5EXN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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