Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
69946	Cc1cnccc1OC1C(=O)C2=C(F)C=C3OCCC(C)C(C(O)CC(CF)OC4CC(O)C(C(=O)O)C41)C3C2	TargetDiff	5NEB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
69947	NC(C(=O)O)C1OCC(CO)C(C(=O)O)C1O	TargetDiff	5NEB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69948	NC=NC1=CC(NC=C[C@H]2CO[C@H](NC(=O)O)CCc3ccnc(c3)C(=O)c3ccc4c(c3)[C@H]2OC4=O)=NCC1	TargetDiff	5NEB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69949	CC1CCC2CCC(=O)OC(C3CCCCC3)C3CC(CCCCCC1CC2O)NC3C(O)(O)O	TargetDiff	5NEB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69950	NC(C1CC(O)C(O)CC(O)C1CO)P(=O)(O)O	TargetDiff	5NEB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69951	CC1CN2C(=O)NCOC(=O)C3(O)COC(CC(C(=O)O)C(O1)C2=O)C3O	TargetDiff	5NEB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69952	CC1CC2CC3C4C(OC5C(C(=O)O)C(N)C(O1)C54)C(=O)NNC3(O)C2O	TargetDiff	5NEB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69953	O=C1C2c3ccncc3NCNc3ccccc3CC3C2CN1C3O	TargetDiff	4L9I	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69954	CC1CC(C(C)(N)O)NCC(OC2C3CCCC3=NC3C(O)=CCC(=O)N32)O1	TargetDiff	4L9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69955	CCC(=N)CCC1OC2=C3C(=C4C(N)=CCC=C4C2=O)C=CC2CCCN(C)C1N32	TargetDiff	4L9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69956	O=C(O)[C@H]1C=C2C(=CC1)NC1C2=CC=CC1=N[C@H](c1ccccc1)C1C=CC=CC=N1	TargetDiff	4L9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69957	CCN(C(C)=O)C1=CN=C2N=C3N=C(C)C4CCC(O)CC(C(C)C)NCC1C2C3=N4	TargetDiff	4L9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69958	N=CC1CNCN1.O=P(O)(CCO)Oc1ccc2c(c1)NCN2	TargetDiff	4L9I	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69959	CC1C=CC(C[C@@H]2C(O)CC[C@H]2N=Nc2cncnc2)C(O)=C1	TargetDiff	4L9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69960	CCC1CC(OC(NC(O)(CC)C(C)c2cccc(C3=CC4=C(CCO4)C(=N)NC3)c2)c2ccc3c(c2)=NC(=O)N=3)CC(=O)O1	TargetDiff	4L9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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