Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
70081	N[C@H](C(=O)O)[C@@H](C(=CO)C(=O)O)[C@@H](O)CO	TargetDiff	4XAS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70082	O=C(O)OC1(O)COC(=O)C(O)C(C(O)C(O)CO)C(C(=O)CO)C1	TargetDiff	4XAS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70083	CC1C(O)C(C(=O)O)C(O)C2(O)C(C)C(=O)C3NCOC3C12	TargetDiff	4XAS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70084	CC1CCC2OC(C(N)=O)C(O)C(O)CC12	TargetDiff	4XAS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70085	CC(=O)NC(=NC(=O)OCCO)N1C[C@H](O)[C@](C)(O)[C@H]1OP([O])[O]	TargetDiff	4XAS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70086	O=C1CC(O)COC(=O)OC2(O)OC3N4C(CO1)OC(C(=O)O)OC4C(O)C32O	TargetDiff	4XAS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70087	O=C(O)CC(O)C(O)C(=O)O	TargetDiff	6ABX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70088	C=C1CC2C3=C(OCC=C13)C(O)C1C2OC(=O)C1(N)O	TargetDiff	6ABX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70089	O=C(O)C(O)(O)C1C(O)C(O)C(O)C1(O)O	TargetDiff	6ABX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70090	O=C(O)C(O)C(O)CC(O)C(O)CO	TargetDiff	6ABX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70091	O=C=C1C2C(O)C(C(=O)O)OC2(C(=O)O)C(O)C2CC(C(=O)O)OC1(O)O2	TargetDiff	6ABX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70092	N=C1C(CN)=C(CCO)C(O)C2C(=O)OC(=O)CC12	TargetDiff	6ABX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70093	O=C(O)CC(O)(O)C1C(=O)OC2C1=CSCC2O	TargetDiff	6ABX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70094	O=C1NC2OC3=C4C(CCC4(O)C(O)C2(O)C1O)C(P(=O)(O)O)C3=O	TargetDiff	6ABX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70095	CCC(O)(OC(=O)OP(=O)(O)O)C(O)C(O)C(CO)C(O)CC(=O)O	TargetDiff	6ABX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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