Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
70111	CC1=C=C2C=CCC(=N2)OCC2C=C3CC=CC4=C3N3C(=CC4)/C(=C/CN1)CN23	TargetDiff	5OM3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70112	CC1=CCN2CC1C1CCC3=NC(=O)C4=CNC5=C6C=CC=CC6C(C2)N5C4=C31	TargetDiff	5OM3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70113	CC1=CC2=C3N4C(=CC=C(O)C4N3C1c1ccccc1)C1=CCC=CC1CO2	TargetDiff	5OM3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70114	CCC1=CCC=C2c3ccccc3N3C4=C(CCO4)CC4=C3N2C1C4	TargetDiff	5OM3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70115	COC(=O)C1C=CC2=CC=NC3=C4N5C(=C(OC)CC5=C1N24)C=C(OC)C3	TargetDiff	5OM3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70116	CC1C=CCC2=C1N1C/C=C(/CC(N)O)CCN3CCC4=CCC(=C1C43)C2	TargetDiff	5OM3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70117	CC1C(O)C2=CC=NC(CNCC(=O)C3C(=O)NOC3C(N)C(O)C(=O)NC(=O)NC(NC(=O)CC3CCC(F)C3)CN1C)C2	TargetDiff	5VR8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70118	CC(O)(O)C1CCCC2CN=CC=C(C2)NC2(O)C=C(C(=O)NCCO)OC3C(O)C(OC(=O)CC1)OC32	TargetDiff	5VR8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70119	CC(C)CCCCCC(C(=O)O)[C@@H]1CCC(=C2CCC(C(=O)O)N2)N1.CCCN[S@@](=O)O	TargetDiff	5VR8	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70120	CC(=O)NCCNCC(O)C(O)CCC(O)CCC(=O)OC(=O)C(O)(COCCC(O)C(=O)N(C)C(=O)C1CCCC1)CC1CNC(=N)N1	TargetDiff	5VR8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70121	CC(C)CCC(O)C1NCC/C=C\CCNCC2OC3C(O)C(CN3CCC(O)(C3CNC(=N)N3)C2O)OCC1=O	TargetDiff	5VR8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70122	C=C1C[C@]2(O)C[C@@H](CN=CN=C(N)N)[C@@H](O)[C@H](NCC[C@@H]3CCCOC3)[C@H]2C[C@]1(O)C[C@@H]1C=C(N)C=CC1C(=O)c1ccccc1	TargetDiff	5VR8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70123	COCCCNCC1NC(=O)NNc2cccc3ccc(nc23)CCCN2C(=O)C(O)(CC2CCCCCN)C(O)CNC1=O	TargetDiff	5VR8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70124	CCNC(=O)C1NCC2/C(O)=C/C(OCC(O)COC)CC3=C4C(=C=C(C)C12)CCC4C3	TargetDiff	5VR8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70125	CCCCOC1CC2COC3CC(O)(CC4C(C(=O)O)C5OC(N)(O)CC45O)CC(C1)C23	TargetDiff	5VR8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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