DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70156 CCCOC1C=Cc2ncccc2C(C2N=C(C(=O)O)C3CC(C)CC32)=C1 TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70157 Cc1nc2n(c3nc(=N)ncc1-3)CC(O)(CC(=O)OP(=O)(O)O)O2 TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70158 O=C(O)CC1=CC(C2C=CC=C3N=CCC=C32)C(F)C=C1 TargetDiff 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70159 CC1=NC(=O)N=c2nc3c(cc21)=C(NC(C)(O)O)CN3C TargetDiff 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70160 CCC(=C=C1N=C(CCC(=O)O)N1)C(=N)Nc1ccc(C=N)cc1 TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70161 CNC(=O)Cc1ccc(Sc2cc(C(C)C(F)(F)F)c(O)cc2O)cc1 TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70162 O=C(O)OCc1cnc2ncnc(Nc3cccc(C(=O)O)c3)c2c1 TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70163 CCC1NC2=NCC(CCNCC(C)O)=C(O)C2C1=C=CC(F)C1C=CC=CC1C1CC(CC(O)C(=O)O)C(O)C1F TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70164 CC1C=C(O)CC(C(=O)NCCOCC(=O)O)=C1F TargetDiff 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70165 COC1=NN=C2Nc3cccc4c3C2C1C(=O)c1cc(CCC(=O)CCO)cc(C)c1-4 TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70166 CC1=NN=CC(C2C=CC(C(O)CCCCC(=O)O)C=C2)C1=C=O TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70167 CCNC(CCOP(=O)(O)O)(OC1=c2oc3cc(nc4c5c2=C(C1)C(OC)=CC5CN4)C=CC=C3)OP(O)O TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70168 NC(=C=C1CC2=C3C(C=O)C(=O)NC(=O)C3C3=C4NC2=C1CC=C=CC4CC3)P(=O)(O)O TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70169 CC(O)CC(CC1CC2CN3C(=C2O1)C(C(C)O)=C(O)C1=NCCN13)OP(=O)(O)O TargetDiff 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70170 CC1(O)C=C(C2=NC(CO)CN2CCC(O)CC(=O)O)c2nccnc2C1 TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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