DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70171 COC(=O)P(=O)(O)Oc1cc(OC)c(F)c(C2=C3N=C(C)NNC3=C(O)CC2)c1 TargetDiff 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70172 Cc1ncc2c(n1)C1N=C(NC(O)C(=O)O)CC1=CC=C2 TargetDiff 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70173 O=P(O)(O)C1=CC(C2OC(C(F)(F)F)c3c(O)cccc3C2S)C=CC=C1 TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70174 CC1=C(C2CCC(OCCCCP(=O)(O)O)C2)N2Cc3c(S(O)(O)OO)ccnc3N=C2C1 TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70175 NC(CCCCOc1ccc(O)c2ncccc12)C(=O)O TargetDiff 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70176 O=C(O)CCOCc1ccc(O)cc1 TargetDiff 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70177 O=C(O)C=C1C=CC2N=CC3=C(C=C(CCC4OCO4)CC3)C2=C1 TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70178 OS1(PP(F)N=S)N[SH](P)[SH]1PNP TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
70179 O=P(O)(O)OCC1C(O)CC2Cc3ncnc4c3=C(CCN=4)CN21 TargetDiff 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70180 CCC1C=CCC(O)=CC1c1ccccc1OCCC(=O)O TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70181 Cc1c(C2C(=O)NC(=N)C3=C2CC2=CC(c4ccc(CC(=O)O)cc4)=CC=CC2=N3)ccc(F)c1O TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70182 CC1OC(=N)C2=C1C=NC1C(CCP(=O)(O)O)C(O)CN1C2=O TargetDiff 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70183 CCC1NNC2=C1c1ccc(OCC(C)=O)nc1CC(CC(=O)O)=C2 TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70184 COC(C=C=CC1=CNCN=CC1C(=O)O)NCNC(=O)O TargetDiff 3G51 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70185 O=C(C(O)C(O)CCCOP(=O)(O)O)N1CN2CCNc3ncnc1c32 TargetDiff 3G51 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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