Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
70201	O=C1OC2C(CC3C2C(O)CCC2(O)CCCC4CC32C4)CC1(O)O	TargetDiff	6H29	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70202	CC1C2C(O)CC(C(C)(C)C(=O)O)C=C=CCC(C)(C(C)O)C(C)(O)C1CC(O)C2(C)O	TargetDiff	6H29	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70203	N=CN1CCC(=O)Nc2cccc(c2)C(O)(O)C(F)C(F)C(F)(F)OC(=O)c2ccc(cc2)C2CCCC21	TargetDiff	6H29	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70204	CN(O)C1/C=C\C2C(CN)C3C(=O)C(C(O)(O)F)CC3C(C)(O)C2CCC1.F	TargetDiff	6H29	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70205	C=C(OC1=C2NCN(CCCCC(O)=C[C@@H]3CC[C@@H]([C@@H](C)CO)C[C@@](O)(CC(=O)OCC(=O)CC(=O)CC(N)=O)[C@@H](C)C3)C2CC1)[C@H](CNCCC(F)F)[C@H](F)C(F)F.C[C@H]1CCNCCO1	TargetDiff	6H29	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
70206	CC(F)(C(=O)O)C1C(O)c2ccc(O)cc2CC(C(=O)O)C1O	TargetDiff	6H29	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70207	NCC1=CC=CN2C3=C[C@H](C[C@@H]4CCCC(=O)C4)CC[C@@H]3[C@](O)(C=C3C=CCN=C3)OC12	TargetDiff	5NAU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70208	CCC1C(NCN2CC(C)(N(C)C)NC3C(=O)N=CCC32)CC2CN3c4cc(O)ccc4CC1(O)C23	TargetDiff	5NAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70209	CCC[C@@H]1C(=COC#C[C@@H]2C(=O)[C@@H](C)[C@H]3C2=C(O)C[C@H](O)[C@@H]3O)C(CC(C)C)CN1C=O.C[C@@H](O)CC(=O)O	TargetDiff	5NAU	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70210	CCC1CC2COCC2C(=O)NCC2C=C(C=NN2C2CCC(O)C2C(C)O)O1.NC(=O)O	TargetDiff	5NAU	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70211	COC(CCC1CCN(c2cccc(C)c2)CN1C)C(CO)NC1=NC=NC(=O)C1C(=O)OCP(=O)(O)O	TargetDiff	5NAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70212	CC1CCC2(CCCC(CO)C2)CCC1C(C)NC(=O)C(O)C(C)(O)COC(=O)O	TargetDiff	5NAU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70213	CC(O)C(=O)N1C(OC(CC(C)C(=O)NC2C=CCC=C2)CN2COCC2O)CC(O)C2OCCC21	TargetDiff	5NAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70214	CS[C@@H]1COc2ccc([C@@H]3CCC(=O)N([C@H]4CCC[C@@H]4N4C(=NC(=O)CO)[C@H](O)C(C)[C@H]4C)CO3)cc21	TargetDiff	5NAU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70215	CC12C#CNC3=CN=CN4C5OCCC5C(C(CC1)C2N1CCC(=O)N1)C34	TargetDiff	5NAU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

70201 to 70215 of 73725 items. Total 4915 pages.