DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70261 CC1=C(O)C=C(O)CC(F)=C1 TargetDiff 6GNP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70262 N=C1C=CC(C(=O)O)C=N1 TargetDiff 6GNP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70263 O=C1CC/C2=C3\CCNC3=C=C/C=N\C12 TargetDiff 6GNP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70264 CC1CNCC1CN1CN=Cc2cc(O)c(OC(=O)C(O)CCC(O)P(=O)(O)O)nc21 TargetDiff 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70265 COC1=C2C=CC=C(N(C)C(=O)CC(=O)OC(C)=O)C2CC1 TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70266 CC1=C(CCO)C(O)=C(O)CC(Cl)=C1 TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70267 CCCCCCC=NN1C=C2CC=NN=C2N=C2CC=CN=C21 TargetDiff 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70268 CC(CCC(O)C1CNC2=C1C(C1=C=C(N)CCC=C1)C(=O)N=C2)CC(=O)O TargetDiff 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70269 CNC(=O)C(NC(=O)c1ccnc(C)n1)C(C)N1CC(CO)CC1=O TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70270 CCCCCCCCc1ccccc1C TargetDiff 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70271 CC1N=C2NCCN2C2=C1C(C)N(C)C(C(C)OP(O)OP(=O)(O)O)=N2 TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70272 NC1=C(O)C=CC2=CCC3=C(CC=C(CC(=O)OCO)C3)C2=C1O TargetDiff 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70273 O=C1NCC2=C1C(C1C=CCC=C1)C(OCCCCOS(O)(O)O)N2 TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70274 CC(O)C1=C(O)C2=CC(O)C(C(O)CCC(=O)O)C3=C(O)C(C)C(O)(C1)C23 TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70275 N=C1Nc2cncc3c2C1N(OCCNCC(COP(=O)(O)O)OC(=O)O)C=N3 TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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