DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70276 C=C(C)N1CNC(=N)C1=C1CNC(=C=CCC=COc2cc(O)ccc2S(O)(O)O)N1 TargetDiff 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70277 CCC1C(OC2CCC(P(=O)(O)O)C2O)=NC2C=CCC=CC2N1O TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70278 OCN(c1ccc(S(O)(O)O)cc1)C1c2ccc(O)cc2N2CCC12 TargetDiff 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70279 CC1NC(O)(C(O)c2ccccc2)CC1C1=C2C(=C(C(N)=O)c3ccccc32)CC1 TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70280 N=C1C2N=C(CO2)c2cnnc3c2C2OC(O)(CCN1CCCOP(=O)(O)O)CC2N3 TargetDiff 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70281 CC(O)c1ccc(S(O)(O)C2CNC(C)C(C)CC3=NC(=O)C4CCC(OC2C)C4=N3)cc1 TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70282 CC1CCC(CCCCC(N)=O)C(CCCC(=O)O)CC1 TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70283 CC1CC(=O)NC2=C(C3COC(OP(=O)(O)O)C3)Cc3oc4nncc1c4c32 TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70284 CC(C(O)CCC(CC(=O)OCO)C(O)CO)C(O)CCC1NC(=O)N=C2C=CC=C(O)C21 TargetDiff 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70285 CN1C(=O)C2=NC(CNC(CO)COC(CCC(=O)O)C3CCC3(C)C2)C1=O TargetDiff 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70286 CC(O)C(O)C(O)c1cccc(C(CC(=O)O)C(O)C(O)C2OCC2CC2C3=C(NCN3)C(C)C2C(=O)O)c1 TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70287 OC(COP(O)O)CC1C=CC2C=C(Cl)C=CC2=C1 TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70288 COCOC1=CC2C(=O)N3C=CC(=N)CC4=C3N(C2=CC1)C1C(O)C(=O)OCC41 TargetDiff 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70289 CC1C2C3=CCC(O)=C4C=CC=C(C34)N2CC1P(=O)(O)O TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70290 O=CN1C=C2C=CC=CC2c2c(OC3CCC(COP(=O)(O)O)C3O)cccc21 TargetDiff 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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