Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
70291	CC1=C(C(=O)O)CC=C1c1ccnc(-c2ccncn2)c1	TargetDiff	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70292	O=C(Cc1cc(C(=O)O)c2ccccc2n1)NCCOP(O)O	TargetDiff	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70293	OCOCCCC1CCC(C2CC=C(O)CCC2)C1	TargetDiff	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70294	CC1=C(O)C(C)C=C(C2C=CCC(CCP(=O)(O)O)=C2)N1	TargetDiff	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70295	CS(N)(O)c1ccc2c(c1)C1=C(CNO1)C2	TargetDiff	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70296	CC(=O)C1=NC(CCCCC[PH](=O)O)N=CC1C	TargetDiff	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70297	COC1CC2=NC=C3CC4CC(C5=CC6CCC(=O)OC6C=C5)N4N3C2C1	TargetDiff	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70298	O=C(O)CCCC(O)C(O)CC1CC(O)C(n2c(=O)ncc3cnc(CNCO)nc32)O1	TargetDiff	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70299	CC1=C2C=C=C(O)CC=C=C2CN1CNCC(=O)O	TargetDiff	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70300	CN1c2cc(O)ccc2NC2OC(=O)C3C(CCC(=O)O)CCC3C2CC1c1ccccc1	TargetDiff	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70301	Cc1nc2c(n1C)=NC1C(C)C(CC(C)C)OC3C(O)C(CC(=O)O)C=2N13	TargetDiff	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70302	CCC1CC(N(O)C(C)COP(=O)(O)O)=CC2=NC(F)=CC=CN21	TargetDiff	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70303	CCc1cc(O)c2c(c1)C(=CCCCCC(=O)O)C=CC=C2	TargetDiff	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70304	COc1ccc(CC(O)C2CNc3ccccc3-c3ccccc3O2)cc1	TargetDiff	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70305	COc1cc(CC2CC(C(C)C3CCC(NC(=O)NC(C)=O)=C3Cl)NN2)n(O)c(=N)n1	TargetDiff	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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