Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
70336	CC1CCCC1.N=C(N)c1ccc(N=C2/C=C\CN3C(=O)[C@H]4NCC[C@@H]4[C@H]3C(=O)N2)cc1	TargetDiff	6HZA	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70337	N=C1N=C2C=CC(NCC3=C(F)CC(CN)C3)C=CC2/C(=[C]/C(=O)Nc2cnccn2)N1	TargetDiff	6HZA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70338	C[C@H]1C[C@H](NCCCN=C(N)N)[C@@H](CC=N)[C@H]2[C@@H]1C(C(=O)N[C@@H]1C=C(CN)[C@H](N)CC1)=C1CCCN12	TargetDiff	6HZA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70339	C=C[C@@H](F)CC.CCCN=C1CC(C2SC(=C3C=CCNC3)S2)=C(ONC(=O)CC(N)=O)N1	TargetDiff	6HZA	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70340	COc1ccc2c(c1)-c1cccc(CCC(O)CNc3cccc(CCCCCC(=O)O)c3)c1C2=O	TargetDiff	4R4O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70341	COc1ccc(CCNC2C=CCC3=C2NCN3)cc1	TargetDiff	4R4O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70342	CCC=C(C)O.O=C1[C@H](CO)CC[C@@H]1c1ccccc1	TargetDiff	4R4O	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70343	Cc1ccc(CCOC2C=C(F)C3C(=C2)N=C(Nc2ccccc2)C(C)C3C)cc1	TargetDiff	4R4O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70344	CC1CCC(=C=C(O)CCCOC(=O)C2=CCC(C=N)=CC2)C1.CCl	TargetDiff	4R4O	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70345	CC(C)ON=C(C1=CNC(C)O1)[C@@H]1CC[C@H]2C1CC[C@H]2N[C@@H]1CC[C@H](F)O1	TargetDiff	4R4O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70346	NC(C=C=C1CC[C@H](CNCC(=O)C2=CO[C@H](C(=O)O)N2)C1)=CCCF	TargetDiff	4R4O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70347	[O]S([O])(CCCOC(=O)CCCCC(=O)O)C1C=CCC(F)=C1	TargetDiff	4R4O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70348	NCC1CC(C=C=C2C=CC(CC(=O)O)=CN2)c2ccc(Cl)cc21	TargetDiff	4R4O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70349	CC(=O)NCCCC1CC(C)=C(CN2CCC(O)C2)N1	TargetDiff	4R4O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70350	CC(CC(=O)O)OC(CNC1=CNC(=N)N=CN1)C(O)C(C)O	TargetDiff	5VIH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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