Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
70381	CCC(C)NC(=N)C(C=O)OCNC1(O)C2OC3CCC3C2C2C1C1CCC(NC3=CCCCC3C3=CC=CC(OC)C=C3)=NC1=CN2C	TargetDiff	4F1M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70382	CC(C)CC1C=CC2=C3C(=C1)C(CC(C)O)NC3C(O)=CC=C2C(=O)O	TargetDiff	4F1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70383	CP1[SH](NP=O)SC(CCPP(OO)[PH](=S)SN)C(O)PS1(C)OC=O	TargetDiff	4F1M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70384	CNC(=O)C1CN2C3CC(CC=N3)C(=O)C3CC(CN3)C(N)C(O)COC3N=CC=C1C32	TargetDiff	4F1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70385	O=C1c2ccccc2C2N=C(NC(F)(F)c3ccccc3)c3ncccc3CC12	TargetDiff	4F1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70386	N=C1C=CC(CNc2ccccc2)C(OC2=NC(CO)N=C3NC4=C(C(=O)CO4)C32)=C1	TargetDiff	4F1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70387	CCCC(N)Cn1c(=O)c2cccc3c2n(c1=O)C1C(=O)CC=C(O)C(O)=C31	TargetDiff	4F1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70388	COc1cc2cccc(OC)c2c2nc(OC(C)CS(C)(O)O)ccc12	TargetDiff	4F1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70389	CCC(C)N1NC(C)=C(C2=C3NC(=N)N=CC3C=NC(=O)O2)C1C	TargetDiff	4F1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70390	O=C(O)C(O)C(O)CC1=Nc2ccnc3nccc(c23)N1	TargetDiff	4F1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70391	Oc1cc2c(c3c4c(ccc13)CNC(Nc1cccnc1)=N4)CCCNS2(O)O	TargetDiff	4F1M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70392	CN(C)CC1CNCC2C(=N1)C=CC1=C2C2=C=C(CCC3=C2C=CCC=C3)OC1=N	TargetDiff	4F1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70393	CC(CCO)C1C2=C=C/N=C\C3=CC4C(=N)NC5CC6(O)CC(CCCC1CC(=O)O)CC6(C3O2)C54	TargetDiff	4D7B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70394	O=C(O)C1C=CC=CC1NC1CCC2NNC(=O)C3NCC4=CC=C/C(=C/21)C43	TargetDiff	4D7B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70395	CC1N2C(=N)NC3C4CC=CC=CC4=NN(C)C3C2C2CC(O)=CCC(C3=CCCC(F)=C3)C21C	TargetDiff	4D7B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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