Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
70366	O=C(O)c1ccc(C2C(=O)Nc3ncccc32)cc1	TargetDiff	4F1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70367	CCC(C)C1NCCCC2Cc3nnc4c(c3N2)C2=C(CNN2C4)C(Cc2ccc(F)cc2)O1	TargetDiff	4F1M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70368	CCN(CC)C1C=C(O)C2CNC34NNC5=C3C(C(=C24)C1)C1C=CC=CC1=NC5=O	TargetDiff	4F1M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70369	NC(=O)CC1=CC2C3=C(OCC(O3)c3cccc(c3)ONc3ccnc2c3)C1O	TargetDiff	4F1M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70370	CC1CC2C(=O)NC(c3nc(C(=N)Nc4ccccc4)ccc3O)OCC(C(=O)O)C2CC1O	TargetDiff	4F1M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70371	COC1=C2ONC3C2=CC(CCNN2C=CC=C4NC5=C(C3CN5)C42)C1O	TargetDiff	4F1M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70372	CCCOC(=O)N1CC(O)(Cn2cccc3nnc(=O)nc2-3)C(C)c2ccccc21	TargetDiff	4F1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70373	CCN(C(N)=O)C1=CC2=C3C(=C(O)CN2OC(=O)C2CC(O)C4NC(C)(C)CC4C2)NCN3N1	TargetDiff	4F1M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70374	CC1N=CN=C2CN3CC=NC(C(CO)C(O)C(O)CO)=NC3=C21	TargetDiff	4F1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70375	CC1OCCC(=O)NCC(CO)c2cc3c4c(n2)N=CCNC4=C2C(=CC(=O)N=CC2O)N=C31	TargetDiff	4F1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70376	CC1CCC2C=C3c4c5n6c(nc7ccc(c4c76)CN4COCC34)CCC1N52	TargetDiff	4F1M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70377	CC1C(CCO)CC2CC3c4cccc5c(=N)c(F)c6n(c45)C3N(CC21O)C1Sc2ccncc2C61	TargetDiff	4F1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70378	CC1=NC2=NCNC2=C2C3=CC=NC4C(C(C)N)=NC=NC(=C34)C12	TargetDiff	4F1M	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70379	CCC(O)C(C)C(O)(C(OC1=NC(C)C2=C(C1)C1C(=O)CC(F)NN=C1C2)C(=O)O)C1CCN2C1COC2(C)C	TargetDiff	4F1M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70380	CNC(=O)C(N)C1C2=CCN=CC2C2C=C(CC3CC(O)CO3)C=CC21	TargetDiff	4F1M	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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