DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70321 OCC=C(CN=C1CCNCN1)c1nc2c(Nc3ccccc3)ncnc2s1 TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70322 O=C(O)c1cccc(Nc2cccc(C3C=CCC=C3)c2O)c1 TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70323 CCOC1C=C2C(C=C1OO)N=C1c3c(C)cc(O)cc3SC(=N)N21 TargetDiff 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70324 CC1=NC(C2=CCC(=N)N=CC2)N=C(CCCC(=O)O)C=C1 TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70325 CC(=O)NC1CC(O)CC(c2ccc(O)cc2)C1CC1CCC(O)C1 TargetDiff 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70326 CCC1C=NC(=O)C2=C1C(C1CCC3CC4=CC(NO)=CC(C)C4OC3CC1)CC2 TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70327 Cc1cc2nc(n1)C(c1ccccc1)CC(C(=O)O)CCC(COP(=O)(O)O)NNc1cc(O)ccc1CC(C)(O)N2 TargetDiff 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70328 CC1=C(C2CCC3C2=NC(=O)C(COP(=O)(O)O)C3C)C(C)C(=N)N=C1 TargetDiff 4YHJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70329 CC1=CC(CC2NC(=O)C3CC4=C(C)C=NC(C)=CC4N4CCCC234)C=CC1 TargetDiff 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70330 Cc1cncc2c1-c1ccc(cn1)C(C(O)CC(=O)O)CNCCCCCC(O)CCC(=O)N2C TargetDiff 4YHJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70331 CC(C)(C1=CC2CN(C3COC(C=N)C3)CCC2S1)C(O)COCCC1C(=O)N2CC3(CC2OCC1O)OC(CCN)CC3CO TargetDiff 6HZA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70332 CCC=CC[C@H]1C=C[C@](C)(c2cccc(-c3ccc(C(=CCON)NN)cc3)c2)C(N=C(C)NC)=C1 TargetDiff 6HZA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70333 C[C@@H]1CCC(=CC[C@H](O)[C@@H](CNC(=O)[C@]2(O)N=C(c3ccc(N)cc3)C[C@@H]2O)C(=O)N(C)O[C@H](N)CN)O1 TargetDiff 6HZA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70334 CCNC(C)c1cccc(C(=O)CCC2=C3C=CCC=C3C3=C2CC(NC(C)CC)C3)c1 TargetDiff 6HZA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70335 CNCc1cc(C2C=CCCC(CC(=O)NC=COC(F)F)=C2)c(=O)n(CCC(C)=O)c1.F TargetDiff 6HZA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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