DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70351 CCCC(=O)NC(CCC(=O)O)P(=O)(O)O TargetDiff 5VIH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70352 Cc1ccc(N(O)C(=O)CC(CN)CC(=O)O)cc1 TargetDiff 5VIH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70353 O=C(O)C1CC(CCO)C(C(=O)c2ccccc2F)C(O)C1O TargetDiff 5VIH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70354 CC1OCC(C)(O)C2C(C(=O)O)OC(C3(O)CC4C(CCC(O)C(CO)C4OO)C(O)C3O)OC12 TargetDiff 5VIH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70355 CC(O)CC(O)COC(=O)C(O)CC(=O)Nc1ncc2cc(O)ccc2n1 TargetDiff 5VIH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70356 CC1C=CC(C(=O)C2CNCC2C(=O)O)N=C1 TargetDiff 5VIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70357 NC1C(C(=O)O)C2OC(C(=O)O)CC23C(=O)N(C2CC4=CCCCC4C2)CC13 TargetDiff 5VIH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70358 O=C1NC(C2=CC=CCC=C2)COC1CC(CO)C(O)C(=O)O TargetDiff 5VIH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70359 CC1OC(=O)C(C(=O)O)CN1C(=O)C1C=CC=CC=C1 TargetDiff 5VIH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70360 CC(=O)C1(C(O)C(C)O)COC(n2nc3c4c(cccc42)CC2=C3CC3C2COCC3C2CCCCS2)C1 TargetDiff 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70361 CC1C=C(O)CC(CC2C=C3C=CC=CC4NN5CCC2C5=C34)C1=N TargetDiff 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70362 NC(=O)Nc1cc(C2C(=O)NN3C2=NC=CC3CC2CNCN2)ncn1 TargetDiff 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70363 CCNCCOCC1CC2c3c(cnc(=N)c4nc5cc(C)ccc5nc34)C=CC2N1 TargetDiff 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70364 CCC1OC(CCC(N)=O)=c2cccc3c2=C2C1=CCC=C2C3(N)O TargetDiff 4F1M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70365 CS(O)(O)NCC(S)CC1N=C(C2CNNNC3=C2N2CCCCC32)NO1 TargetDiff 4F1M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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