Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
70231	N=C1N=CC(C(N)C(=O)O)n2c(Cc3ccccc3)nnc21	TargetDiff	5FHN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70232	NC(C(=O)O)=C1CO[C@H]2C(=O)CC3=C2[C@H]1C1=C[C@@H](c2ccccn2)C=CC13	TargetDiff	5FHN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70233	CC(C1CCCCC1)C(O)C1CC2OC(CC1O)C(O)C(OO)C(O)CC(O)C2C(F)C(F)C(O)O	TargetDiff	5FHN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70234	COC1C=CC(C2CCC(C3=C(C4CNC(O)(O)C4)C(=O)NC3=O)C2)C=C1	TargetDiff	5FHN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70235	NCCCC(=O)O.OC1CC2=NC(C(O)CC3C=CC4CCCC4=C3)C34CON3C3=CC=NC5=NC(=C2N4C35)C1O	TargetDiff	5FHN	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
70236	C/C1=N/CNC(=N)C=C=C1NC(=O)C1=CC=C(F)C=CC1	TargetDiff	5MPZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70237	CC1C=COC(=O)c2c1sc1c2oc(=O)n1C(Cc1ccccc1O)C1=NCCCO1	TargetDiff	5MPZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70238	CCC1NC(C=O)C(C2C(=O)N(C)c3ccc(C4C=CCC=C4)cc32)CC1=O	TargetDiff	5MPZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70239	CC1C2=C(CC3=C(C(F)(F)F)C(F)CC3=C2)C2CC34CCC(O)(CO3)C3(C)CC2C1(C)CC43	TargetDiff	5MPZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70240	Cc1cc2c3c(c1)N1OCCCN(NC4=CN=C5NC(=N)CC5/C4=N/2)C31	TargetDiff	5MPZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70241	CN1NC(=O)C2CCC3=C(Cc4ccc(O)c(CO)c43)C2C1=O	TargetDiff	5MPZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70242	CC(CCC1CCC2NC(=O)C3=C4N=CC=C(Cl)C=C4CC=C3OC12)C(=O)O	TargetDiff	5MPZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70243	NC(=O)c1cccc(C2=C(O)C3=NC4OCCC45C4=C(NC(c6ccccc6F)C4)C(=N2)N35)c1	TargetDiff	5MPZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70244	Cc1cc(C2C(=O)NC(C)CC3=C2c2c(Cl)cnc(C)c2C3)c2ccc(Cl)cc2n1	TargetDiff	5WQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70245	CCN1OC(C)C(=O)OC2CCCC(C2)NCC2=CC(C)C=C/C2=N\c2cc(F)cc3c2C(C2CCO2)=CC1(O)O3	TargetDiff	5WQC	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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