DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70096 CC(=O)C(O)C1C(C(=O)O)CC(O)C(O)C1O TargetDiff 6ABX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70097 CC(C(F)=C[C@@H](OF)[C@H]1N[C@](C)(O)N[C@H]1[C@H]1CCN[C@H](F)C1)=C(C)C(F)(F)F TargetDiff 4RDN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70098 CN.COc1cc(C(=O)O)cc(C(=NNCC=O)NC2CCC2)c1 TargetDiff 4RDN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
70099 COC1CC(=O)N2C(=C=O)C3C=CC=CC3=C(O)C2O1 TargetDiff 4RDN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70100 O=C1NC(C(O)C2C=CC=CC=C2)C(C(=O)O)C2CCC(F)NC12 TargetDiff 4RDN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70101 FC(F)C(F)(F)F.N=CC1CC(C(=O)O)=C2C1CC1CC(O)(CCOP([O])[O])CC21 TargetDiff 4RDN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
70102 O=C1N=C(F)C=C2C(O)C(O)CN(C(=O)NCc3cccnc3)C12 TargetDiff 4RDN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70103 O=C(O)C1CC(O)C2CC3(CO)C4=C(NCN4)C(=O)C3N12 TargetDiff 4RDN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70104 CC1=NC(=O)C2C(=N1)C(O)C1C(O)C(C)C(C(=O)O)OC21 TargetDiff 4RDN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70105 CC(=O)CC(C)C(O)C1OC2C(O)N3CC(NC=N)CC4C(C(=O)O)OC1N2C43 TargetDiff 4RDN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70106 ONC1C2N=C(CF)CC3=C2C(=NC(CCc2ccccc2)C1O)OC3(O)O TargetDiff 4RDN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70107 O=C1CCC(C2CC=Cc3ccc(F)cc3N2)N1O TargetDiff 5OM3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70108 CCOC/C1=C/C2CC3CC(C(F)F)C4C3=C2N/C(=C\C=C/4NC(=O)O)CC1 TargetDiff 5OM3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70109 CC[C@@H](C)[C@H](O)C(=O)N=C1C=Nc2c(cccc2C(O)=C(O)C[C@@H](C)O)C(=O)[C@H]1C(=C=O)OC TargetDiff 5OM3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70110 CNC1=CC=C2OC3=C4C(CC3CCC3CCCCOC3)C3=C(NCC3)N4C2C1C TargetDiff 5OM3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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