DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70066 CCNNC1=C(C2C=CCC=C2)C(=C=O)C(OC)C1 TargetDiff 4UYE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70067 CC1=C2C(=O)CCCCC3=C2C(CN3)N1 TargetDiff 4UYE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70068 CCC1N=NC2=C3N(CC2)C2=C(C)C=C4OCCCN=C4C2N31 TargetDiff 4UYE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70069 CC1=C2Oc3cc(O)ccc3N(NCC3C=NC(=N)c4cc(F)ccc43)C2CC1 TargetDiff 4X48 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70070 CC1C=CC(NC=Nc2cccc(-c3cccnn3)c2)=C(F)C=C1O TargetDiff 4X48 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70071 O=C(O)CCC(CO)C1CCC(C(=O)c2ccccc2C2C=CCC=C2)N1 TargetDiff 4X48 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70072 CCNC1=CCC(C=C=CC(OC)C2CNCN2)=CC1 TargetDiff 4X48 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70073 [CH]=NNN[C@](CCc1ccc(F)cc1)(c1ccc(Cl)cc1)N1C[C@@H]2C3=C(CCC(=O)C3)C(=C3CCCCCC3)N2C1=O TargetDiff 4X48 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70074 N=C(N)C1=CCC(NS([O])([O])c2cccc(F)c2)=CC1O TargetDiff 4X48 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70075 CC1C=CC(N2CC3OC=C(F)C(F)(F)C3C=C=C(C(=O)NC3=CC4=CCC(O)=CC4=CN3c3ccccc3)C2C)C=C1 TargetDiff 4X48 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70076 CC1=CC(c2ccnc(CCOc3ccc(F)cc3)n2)C=CC1 TargetDiff 4X48 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70077 O=C(O)C1=C[C@H](C2C=CCC=C2)[C@@H](O)C(C=CC2C=CCC=C2O)=C1 TargetDiff 4X48 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70078 NC1C(O)C(=O)OC(CO)C(C(O)C(=O)O)OC(C(O)CO)C(=O)C1O TargetDiff 4XAS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70079 O=C(O)C1CC(C(=O)O)N1 TargetDiff 4XAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70080 OCC1OC(CO)C(O)C(O)(C(O)CO)O1 TargetDiff 4XAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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