DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69841 COC(F)C(C)CCCCC1CCCC(C2=CCC3NCNC=C3C2)C1 TargetDiff 4RYD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69842 N=C1CNN=CC=C1CCCC(C(N)=O)C(O)(O)O TargetDiff 6MLE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69843 N=C1N=C(N(O)C(CC(O)C(=O)O)C(O)CO)CC(=O)N1 TargetDiff 6MLE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69844 C=C1C(=N)C2=C(CCN2)C2=C1CCCC(O)C(C(=O)O)CCC(CO)C2 TargetDiff 6MLE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69845 NC(CC(=O)O)C(O)C1CC2=C(C1)NNC2 TargetDiff 6MLE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69846 N=C1N=C2NCN(C(=O)CCC(O)P(=O)(O)O)C2=N1 TargetDiff 6MLE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69847 CC1CC(C2CC(C(=O)O)C(F)CC2O)CC1=N TargetDiff 6MLE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69848 N=C1N=CN=CC(N2CCC(C(O)C(=O)O)C(O)C2)C1=N TargetDiff 6MLE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69849 Cc1nc(C=CNNNCC=N)cc(N2CCN([C@](O)(CO)P(=O)(O)O)CC2)n1 TargetDiff 6MLE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69850 CC1=NCC(C2C(C(=O)O)NC(CC(CO)C(O)C3CCOC3=O)C2O)N1 TargetDiff 5JXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69851 CC1CCC(CC(O)CO)C(O)C(COC(O)C2C(=O)N=C3C(=N)N=CN=CN3C2=O)C1 TargetDiff 5JXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69852 CN1CC(F)CCC(NC2=C(C(O)C(N)=O)c3ncccc3C2)C1.CON1C=NC(=O)CC1=O TargetDiff 5JXN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69853 CC(=O)OC(C)C(=O)O.NC(O)(CO)c1ccccc1CO TargetDiff 5JXN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69854 O=C(O)NC(=O)C1=CC=C(F)CC1=C=C(O)CC1CCC2C3CCCCC3C(=O)N2CC1 TargetDiff 5JXN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69855 C=C1NN=C(CNC(=O)NC(=O)NCCC)[C@@H](O)C1=NN TargetDiff 5JXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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