Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
69811	CC1CNCC(C2OC3CCC4C(O)C(O)C(C(O)Cc5ccc(cc5)NC(=O)C5CC6(CC(O)CO6)C2C5O)C4CC3)N1	TargetDiff	4ZEB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69812	CCC12COC/N=C\CCC3CC4COC(C(OO1)C2C(C)OC)C4(C)C3COCC(CO)C(=O)NC(=O)O	TargetDiff	4ZEB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69813	FC1=C2C=C3CCCC3C=C2OC=C1	TargetDiff	6HD6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69814	CNC(=N)CC1=C=CCC(=N[C@H]2CC3C[C@@H](C)C(=O)CC[C@@H]32)C=C1	TargetDiff	6HD6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69815	CC1=CN(C(=O)c2ccc3c(c2)C=CCC3=O)CCCC1	TargetDiff	6HD6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69816	O=C1OCC2OCCC2c2ccc3c(c21)C=CC1C=CCC=CC1=C3	TargetDiff	6HD6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69817	CC1COC2=CC(C3C=CCC(F)=C3)C=CC2C1	TargetDiff	6HD6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69818	N=C(OC1C2CNCC1O2)C(CO)OC1=CCC(Cl)=CC1	TargetDiff	6HD6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69819	C=C1C[C@@H](c2ccc(F)c(F)c2)C=C(O)CC1=C1C=CCC=C1	TargetDiff	6HD6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69820	FC1=c2cc3c(c(F)c2N=CC1)=CN1C2=C(CC1CC3)C(N1CCNC1)CC2	TargetDiff	6HD6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69821	O=C1CC2/C(=N/CC3C=C(C(F)(F)F)CC=C3O1)NC1=CC(O)=CC=CC12	TargetDiff	6HD6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69822	NC(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1	TargetDiff	6HD6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69823	CC1CCC2=C3C=CCC=C3C=NC2C(=O)C1Cl	TargetDiff	5F2P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69824	N=C1C=CCC(=O)N1c1ccc2ccccc2c1	TargetDiff	5F2P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
69825	C=C1[C@H](CNC2=C3C=CC=CC3[C@@H]3[C@@H](C2=O)[C@H](C=C[C@H](CCCC)CCNCO)CN3O)C=NC2=CNC=CN12	TargetDiff	5F2P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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