DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69736 O=CC(C=CCCNNC1=CC=CCC1)C(Cc1ccnnc1)=NCNC1C=CC=CC=C1F TargetDiff 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69737 N=C1N=C2CC=C(F)C=C2C(CNC(CCCCC(=O)O)=NP(=O)(O)O)=N1 TargetDiff 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69738 CCC1CC=C(C(CNc2nc(C)n(C)n2)c2cc(C(N)=O)ccc2OC)S1 TargetDiff 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69739 N=C1NCCC1=C=C(CCO)c1ccc(OP(=O)(O)O)c(O)c1 TargetDiff 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69740 NC1=CCC2=C(NC1)C1CC3C(=C(O)C(O)C3C(CCC(=O)c3ccccc3)C3=CCCC=C3)C=C1N2 TargetDiff 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69741 CC1=NC(C)C(Cl)C2C3=C(CC12)C1=C(C3)NNC1C(O)C1CC(Cl)=C(CC(=O)O)C1 TargetDiff 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69742 CC1N=C(C2CC(NO)OC3=C2C=CC(OC(N)C(=O)O)C3C=O)C=CC1N TargetDiff 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69743 CC(CCC(C)C1=CC=NN2COC(C(O)CCCCCCC3CCCN3)=CC12)CNC(=O)O TargetDiff 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69744 O=c1c2c(c(CCCN(O)c3ccccc3)cn1F)C=C=C1C3=CCC(O)=CC3c3nnc4c(c31)C2C=CC4 TargetDiff 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69745 CC1=CCCCC(N)=C1N TargetDiff 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69746 CCC1CC(=O)C2=C1NC(C(=O)O)C2 TargetDiff 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69747 CCNc1ccc(O)c(CCC2=CCC(O)=CC2C)n1 TargetDiff 5FE9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69748 NCCCC1=C2CCC3NCC(=C23)CC=C1 TargetDiff 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69749 CC1C=COC(=O)C1=N TargetDiff 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69750 CC1=C(O)CC=C2C1CCCN2CN TargetDiff 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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