DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69361 CC(=O)N(C)[C@@H]1CC[C@@H]2C=C=C(Cl)C/C=[C]\C(=O)OC(=O)c3cc(ccc3O)[C@@H](N=CC3C=CCC=C3)N3NC[C@@]21C3=O TargetDiff 5I9X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69362 COc1ccc2c3c(c4c(c2n1)NC=CC4N=C(C)N(C)C)CNC1=C(CNC(=O)CO)CC=CC1=C3 TargetDiff 5I9X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69363 CC(O)CC1OC2C3c4ccccc4N4CCN(C=C=CCC(CO)C1NC1CC5c6cncnc6COC5C13)C24 TargetDiff 5I9X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69364 C=C1CC2CNCC(C(C)(C)O)C(O)(O)C(C)N/N=C(CN)\C=C\C(C(C)C)=C=C/C=C/1C2 TargetDiff 5I9X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69365 O=C(O)C1CCC2NCCC3NC(C(=O)O)C(O)(C4C=CCC=C4)C3C21 TargetDiff 5O4F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69366 CC(O)C(O)C12OCCC1NC(P(=O)(O)O)C(CCO)C2O TargetDiff 5O4F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69367 CCOCC(N)(C(O)C(=O)O)C(O)C(=O)O TargetDiff 5O4F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69368 CC(O)C(=O)OC1(C(O)CO)CC2OCNC2C(C)N1C TargetDiff 5O4F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69369 NCC1OCC2(CCC2O)OC(P(=O)(O)O)C1N TargetDiff 5O4F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69370 CNC1=NC(=O)C(O)C2C(O)C(O)CC(O)C12 TargetDiff 5O4F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69371 NC1(O)CC(S(O)(O)O)C2C(COC(O)C2CO)CC(O)C1O TargetDiff 5O4F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69372 NC(CC(O)CC1(CO)CC(=O)C(O)C(O)C1)OCCC(=O)O TargetDiff 5O4F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69373 CCC(C)CC1C(=O)NC(=O)C2CC1C(C(O)(O)O)CCNCC2N TargetDiff 5O4F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69374 CC(O)(O)C1CC(CO)NC2OCCC2C(C(N)C(O)CC(=O)O)C1 TargetDiff 5O4F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69375 OC1CCC(O)(O)C(O)C1O TargetDiff 5EVD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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