DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69271 C=C(CC(Cc1ccccc1)c1ccccc1)SC=C=C=C=C(C)N TargetDiff 5OS2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69272 O=C1OC[C@@H]2C=CC=C(O)C2C2=C1[C@@H](CCC=CC1CCCN1)N(C1=C=CC/C=C(F)\C=C/1)C2=O TargetDiff 5OS2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69273 O=C(O)C(O)c1cccc(O)c1 TargetDiff 5J7Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69274 Cc1ccc2cc3c(cc2c1)CCCC=C=C3 TargetDiff 5J7Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69275 CC(C=O)CCCCC(O)CC1CCN(C(=O)CCO)CC(O)C1O TargetDiff 5J7Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69276 COC1CC2C(=C1F)OC1C3CCCCC3CN21 TargetDiff 5J7Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69277 O=C(O)Cc1ccccc1 TargetDiff 5J7Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69278 NC(N)=NC1=CCC(=O)CC1 TargetDiff 5J7Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69279 O=C(O)Nc1cnccc1O TargetDiff 5J7Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69280 FCCCC1CC2=C(NCC2)N1 TargetDiff 5J7Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69281 OC1CCC/C=C2/CC(F)N(O)CC2C1 TargetDiff 5J7Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69282 O=C(O)N=C1N=CCC(NCc2cc3c(cc2O)CCC3)=N1 TargetDiff 4CWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69283 Cc1ccc2ccc(NCCNCNC(/C3=N/CCCCCC3)C(C)NO)cc2c1 TargetDiff 4CWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69284 CC1=NC(=O)[C@@H]2CCC3=C4OC([C@@H](C)/C=C(/C=C[C@H](O)C(F)F)OC[C@@]5(O)CC[C@H]([C@@H]3O)[C@H]45)[C@H]1C2 TargetDiff 4CWR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69285 [O]N([O])CN=C[C@H]1CCN[C@@H]2Cc3ccccc3[C@@H]2C1 TargetDiff 4CWR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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