DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69046 COC1CC=c2oc3cccc4nnc(c2C1)-c43 TargetDiff 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69047 CC(C)N(C)C1=CC2C=CCC(C(F)C(=O)F)=C2C=C1 TargetDiff 5EY4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69048 OCc1cc(C2C=CCC=C2O)ccc1O TargetDiff 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69049 CCCC1OC(=O)c2cc(N)c(O)c(N(O)CO)c2O1 TargetDiff 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69050 O=P(O)(O)CC(OC1C2OOC(N3CN=C4CNCC(F)CC4=CN3)OC2C1OOP(=O)(O)O)OP(=O)(O)O TargetDiff 4PVY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69051 CCN(O)c1ccc2cc(NCC(O)C(O)C(CO)C(=O)O)ccc2c1.O=P(O)(O)OP(=O)(O)CO TargetDiff 4PVY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69052 COCC1C(CC2CC3=NC4=NCCC4N=C3N2)OC1C(C)OP(=O)(O)O.O=P(O)(O)O TargetDiff 4PVY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69053 CC(C)C(C)C1=CCC(C2CC(O)C(OC(=O)CO)OC2CCOP([O])[O])C(O)=C1.O=P(O)(O)O TargetDiff 4PVY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69054 CN(CCC(O)C(O)C(O)C(O)P(=O)(O)O)C(O)CC(O)c1ccc2c(c1)NC1CCCC21 TargetDiff 4PVY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69055 NC1COC2=C1CC1C=C(C3OC(=O)CCC(CC(=O)O)COCC3O)CC=C21.O=P(O)(O)O TargetDiff 4PVY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69056 COP(=O)(O)O.NC1=CC=CC2C=CC(OCC3OC(OC(C(=O)O)C(=O)O)C(CO)C3O)C=CC2=C1 TargetDiff 4PVY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69057 CC1=CC(C(O)CN2c3ccccc3C3C=NC(c4ccc(C(=O)O)cn4)=NC32)C(=O)CC=N1 TargetDiff 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69058 C1=CC(c2ccccc2)C=C2OCC(NCc3cccc4cnccc34)C2=C1 TargetDiff 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69059 CC(CF)NC(=O)OCc1cc(O)c(O)c(CN2Cc3ccccc3C2)c1 TargetDiff 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69060 COc1ccc(CNC(=O)C(O)C(CNC(=O)C2CCCCC2)C(C)C)cc1 TargetDiff 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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