DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68986 CCCOCC(C(=O)O)C1OC(NC2CCN(C(C)C)C2C)C(O)C1O TargetDiff 4ZX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68987 CCCOCCC1ON2c3cc(C(C(=O)S)C(C)CCNC(C)(N)O)ccc3SC2C1C1CCCC(C)C1 TargetDiff 4ZX4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68988 CC(CC1CC(C=O)=C(CO)C(C2CCCCCC2)C1O)C1C2=CCC=CC2C(=N)N1C(=O)O TargetDiff 4ZX4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68989 N=C(N)C(NP(=O)(O)O)C1CNN(c2ccncc2Cl)C1 TargetDiff 4ZX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68990 CCC1=NC2C(CC1)C1C3CC(CC(O)/C(O)=C/C(C(=O)O)CCOC(=O)/N=C4\CCC(N4)C(C)/C=C/C4CCN1C2C4)C3 TargetDiff 4ZX4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68991 C1=CC=CCC=C1.CC1=C(O)C=CC(OC2CN(C(=O)CO)C(NO)C2O)C1C1CCN1 TargetDiff 4ZX4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68992 CC1(O)C2C/C(C(=O)O)=C/CCC(=O)NCCCN(CO)C3CC(O2)N(CN2Cc4ccccc4C4C=CCC=C4C21)C3=O TargetDiff 4ZX4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68993 N=C1OC(N)(O)CC1CC1CCCCC(Cc2cc(O)c(F)cc2F)S1 TargetDiff 5EFJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
68994 N=C(N)C(=N[C@H]1CCN(c2ccccc2)C1)NO TargetDiff 5EFJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68995 CCOCc1ccccc1C=CCNNC(=O)OC(=O)C1=CC=CCC1 TargetDiff 5EFJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68996 CC1(CCC2(O)CCC3CC(C(=N)NC(O)C(=O)O)=CC=C32)CCOC1 TargetDiff 5EFJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68997 CCCCC(NC(=O)O)C(O)C(O)CCCC1CC(OCN(C)O)C(=O)O1 TargetDiff 5EFJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
68998 NC(O)(CNCCC1=CCC=CC1)C(O)C=C=CCCNC1C=CC=CC2C=CCC=C21 TargetDiff 5EFJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
68999 NC(=O)CCC[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C=CC1CC[C@H](N=C2C=CCC3=C(C2)OCC3)C1.O TargetDiff 5EFJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69000 CC(N)(c1ccc(C(=O)NCC(N)C(O)C(F)F)cc1)c1cccc(F)c1 TargetDiff 5EFJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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