DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68926 O=C1SC(C(O)CC(CO)OS(=O)O)CNS(O)(O)C1C1C=CCC2=C=COC=C=CC21 TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68927 CC1C=CC(CO)C(C(O)C(O)COC(CC(CNCC2CCOCO2)C(=O)O)NO)=C1 TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68928 CC1C=C(C2(C(O)C(=O)OC(C(N)=O)C(=O)O)Oc3ccccc3O2)NC=N1 TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68929 COCC1(CCCC(C)C(=O)O)Cc2ccccc2C1=O TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68930 O=C1NOC2C=CCC=C2Nc2ccccc2C1OCCCNO TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68931 O=C(O)C1(O)CC(O)(C2C=NC3C=CCC=CC3=C2O)CC1CS TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68932 CCC(C(=O)CCN(C(C)P(=O)(O)O)C1(O)CC(O)C(O)C1O)C1CCCC1 TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68933 CCCCOCC1(C(C)O)OCC(C(C)CO)O1 TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68934 C=C(NC(=O)N(C(=O)C(O)(O)C(CO)N1CCOCC1=O)C1CCCC1)c1ccccc1 TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68935 O=C(NC(=O)C1CCCN1)C1=CON=C(F)C1 TargetDiff 5EFH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68936 O=C(O)C1=NC(Cc2ccc(F)cc2)C(=O)N1 TargetDiff 5EFH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68937 OC1CCCNC(CC2CNOC2)C1 TargetDiff 5EFH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68938 CCCCC(=O)CC(CCO)NO TargetDiff 5EFH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68939 OCCC(O)(CO)C(O)CCC1C=CN(C2C=CCC=N2)C=C1 TargetDiff 5EFH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68940 CC(C(=O)O)C(=O)NC1=CC=CC(N2CCC(=O)NC2)C=C1 TargetDiff 5EFH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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