Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68866	O=C(CN1c2ncnnc2CCC1C1N=CC2=CCC(F)=CC2=N1)OC(O)C(O)C(O)CO	TargetDiff	3HY9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68867	O=C1CC(CCCO)N(CC(O)C(O)(C(O)F)C(O)CC(C(=O)O)C2CCC(O)C2)CO1	TargetDiff	3HY9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68868	CCC(=O)NC(=O)C(O)C(CNC)C1=CC=CCC1=O	TargetDiff	3HY9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68869	CC12CCC3OCN(O)C3C1CC2C(O)C(O)(Nc1ccccc1)C(NCO)C(=O)O	TargetDiff	3HY9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68870	CC(=C=CNC1=CC(C(=O)O)C(C(=O)Nc2ccc(F)cc2)=CC1)C1CNC(O)C1O	TargetDiff	3HY9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68871	CC(OO)C1C(O)C(O)NC1(C)C(O)C1(O)CCCC2OCCC21	TargetDiff	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68872	NC(=O)CCNCC(=O)C1=C(C2=CCCCC=C2)C(=O)NC1	TargetDiff	3HY9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68873	CC(O)(O)CC1OCC(O)(CC2=CC(C(N)=O)SS2)C1(O)O	TargetDiff	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68874	CN1C(=O)C2COC1C1OCCC1CC(O)C1=C(C=C=COC3CCC=CC3C2O)C(O)C(=O)OC1=O	TargetDiff	3HY9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68875	OCC(O)C(CO)C(O)C1=C=C2N=CCC=C2C=C=C1O	TargetDiff	3HY9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68876	CC1CC(O)C(O)C1C(=O)N1C(=O)C(=O)OC2C3=CC(CN)C=CC3C=CN2C2SCCC21	TargetDiff	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68877	COC1=C(C(O)C(c2cccc(CN)c2)C(O)C(O)(CC2CC(C)OC2=O)C(=O)O)CC(O)=CC1	TargetDiff	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68878	OC1C(O)C(C2COCC2Cl)OC2C1COC2(O)C(O)C(O)C1C=Cc2ccccc2C1	TargetDiff	3HY9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68879	O=C1OC(C(=O)O)OCCOCCC2=C3C1=C(C(O)(CO)C1=CCC=CC1)NN3CC2	TargetDiff	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68880	O=C(C(O)CN1CCCC1=O)C(NC1C=CC=C(F)C=C1)C1CCO1	TargetDiff	3HY9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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