DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68821 CCC(CCC[C@@H](C)CC)C(=O)C=C(C)O TargetDiff 6I61 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68822 CC1CC(=O)N(C2=CCC(C(=O)O)=C3CCN(c4ccc(Cl)cc4)C23)N1CC(F)(F)F TargetDiff 6I61 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68823 CC1C(C(=O)O)=CCCC2CCCN21 TargetDiff 5EV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68824 O=C(C(=S)C(O)C1CC2(CCC23OC2CC3COCO2)C(=O)O1)c1ccccc1 TargetDiff 5EV8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68825 O=C(c1cccc2cccc(O)c12)N(CCOC(F)(F)F)C(=O)C1CCNCCCC1O TargetDiff 5EV8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68826 OC1OCC2C(O)C(O)C(O)C(O)C12 TargetDiff 5EV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68827 CC1NCN(C(=O)C(O)C2OCCC2C(O)C(=O)O)C1=O TargetDiff 5EV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68828 O=C1OC(C(O)(O)CO)C2(O)C(CCCO)CCC12 TargetDiff 5EV8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68829 O=C(O)C1=CC=CN2C(CC(O)C(O)C3OCNC3=O)C(=O)OC12 TargetDiff 5EV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68830 CCC(COP(=O)(O)O)OCC(O)(CO)OCC1NCNCO1 TargetDiff 5EV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68831 OCC(O)C(O)(O)OC1(CCC(O)CCc2ccccc2)OC(O)(O)C1O TargetDiff 5EV8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68832 CC1=C(O)C(OO)C(C(=O)OC2(O)OCC3C(=O)N4CCCC4C(O)C3C2O)C=C1 TargetDiff 5EV8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68833 CC(=CC=CC(=O)N(C)C1=CCC=CC1)CCOc1ccccc1.O=CC(=O)CCOO TargetDiff 5L8A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
68834 C#CCC(=O)O.C#CCCO.CCCOC TargetDiff 5L8A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
68835 Cc1ccc(O)c(O)c1.Cc1ccccc1.NOCO TargetDiff 5L8A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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