DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68881 NC(=O)C(O)CCC(O)C(C(=O)O)c1ccccc1F TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68882 NC(=O)C(O)CCN1CC2CC(C3C=CCC=C3)CC2N(C2C=CNC=N2)S1(O)O TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68883 C=C1C(NF)CCCC1(O)COC(=O)C(CO)CC(=O)N(O)O TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68884 COc1cccc(C(O)C(CN(CC(O)(O)C(=O)N2CC(O)C(O)CC2=O)C(N)=O)C(=O)O)c1 TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68885 CC(c1ccccc1)C(C(=O)C1CSC(C(N)=O)N1)C1C=CCN=C1 TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68886 CC1NC(=O)C(CO)NS(O)(O)C2C1NC(=O)C2C1C=CCC=C1O TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68887 CC1=CC(N2CC(OCC(CO)C(=O)O)C3C(O)C(O)C(=O)OC32)C=CO1 TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68888 Cc1ccc2cnc(C(=O)NC(CNO)C3CCCCC3)cc2n1 TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68889 CC(C)C(O)CC1C=CC(O)=CC1NC(=O)C(O)C1(O)CC=C(O)C(O)C1O TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68890 O=C(NO)OC1CC(C2CC(Cl)OC2=O)CC1O TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68891 O=C1OC2CCC3C(=O)N4OCCC4C=C3NC2(O)C2CNCCC12 TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68892 O=C(O)CC(O)C(=O)OC1(O)CCn2c(nc3cccnc32)CC1O TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68893 CC1=NC(=O)N=CC1C(=O)C1CCC(C(=O)OC(=O)N(C)CCC(=O)O)C1=O TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68894 NCCC(CCC(O)C(O)C(Cc1ccccc1)c1ccccc1)C(=O)O TargetDiff 3HY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68895 O=C(O)NCC(=O)C1C(O)CC(O)CC1c1ccc(F)cc1 TargetDiff 3HY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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