DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
68836 C=CO.CC(O)=C=CCC(C)CO.CCNCCC1COC(=N)C1.OCc1ccccc1 TargetDiff 5L8A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
68837 NCC(=O)N=C1CCCC=C1C[C@@H]1CC[C@@H](OC=CCC=COCC(=O)O)C1.O=C(O)CO TargetDiff 5L8A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
68838 CCCC(=O)C1=CCC=CC1Cl.O=C(O)c1cccc(CO)c1F TargetDiff 5L8A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
68839 Fc1ccccc1.O=C1C=CCC=CC1 TargetDiff 5L8A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68840 FC1=CCC=C2NC(F)OCCC12.OC(F)CF TargetDiff 5L8A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
68841 C1CCC1.C=C(C)NCC.CC(=O)NCCCc1cccc(O)c1O.CCC TargetDiff 5L8A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
68842 C1=CC2C=CCC=C2N=C1.CCCCCl.OC1CCC(CN2CCCCC2)C1 TargetDiff 5L8A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
68843 CC1=CC=C2C(=O)C3C(F)=CC=C(N4C(=O)OC(C(O)=C(O)C(C)C)=C[C@@H]5CNCN54)C3OC2[C@@H]1C TargetDiff 6F1N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68844 COC1=C(O)CC2=C1C(O)CC(C1=CC=CC=CC1)C1OC(CCC1=O)OC1C=CC(C(=O)O)C(=C1)O2 TargetDiff 6F1N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68845 CCC(C)C(=O)NC(=C=C(C)NCNS(C)([O])[O])C(C)C1=C=C2C=CC(F)C=C/C2=C(O)/C=C\C1 TargetDiff 6F1N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68846 O=C1C=C=C/C=C\CN2NC3C=CC=CC3C3C=CCC=C3C2/[S]=[C]\OC1 TargetDiff 6F1N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68847 CC(C)COC1=C(O)C2OC3CCC4CC3C2=CC1COCC(NC(C)NC=O)CC(=O)OCCC1=CC(C=CC(F)=C1)C(=O)O4 TargetDiff 6F1N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68848 CC(C)CC1C2CCC3O/C(=C\C(O)C(O)CNC3=O)c3ccccc3C3CCC4CCC(=O)C(C)C1C4(C)C2O3 TargetDiff 6F1N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68849 CCC(OC1CC2CCCC2C(=O)N1c1ccc(F)cc1)C1=CCC=C2C(=O)C3=C(F)C=CCC3=CC21 TargetDiff 6F1N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
68850 CCS([O])([O])C1=C=CC(O)(CN)NC(=O)N(C(=O)C2=CC(C)C(=O)N=CC2)C1 TargetDiff 6F1N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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