Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
68941	O=P(O)(O)C(O)CCCCO	TargetDiff	5EFH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68942	O=C(C(F)C(F)F)C(O)(O)NCc1ccc(OCc2ccc(F)nc2)cc1	TargetDiff	5EFH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68943	C[C@H](C(=O)N=C1CCN(C=C2C=C(F)C=CC2)C1)C(O)=C1CCN=CN1	TargetDiff	5EFH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68944	C=C(C(=N)NCC)C(N)=O	TargetDiff	5EFH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68945	N=C1Cc2nccc3c2NC(CC2C=CC=CC2O3)C(=O)N1.NCC(N)=O	TargetDiff	5O1D	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68946	CC1=CCC(c2cncnc2)CC(C(C)O)=C1	TargetDiff	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68947	O=C1C(c2ccccc2)CC(N2C=C(CNNCCCO)C=NC2)N1C1CCCC1	TargetDiff	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68948	CC1C=CCC=C1C(=O)ON(F)C(F)C(=O)F	TargetDiff	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68949	CC1CCCCCC1=O	TargetDiff	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68950	NCCC1C=CCC(O)=C1	TargetDiff	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68951	CNC(=O)N=C1C=C[C@H](C)C2=C1C1C=CC=CC=C1N2O	TargetDiff	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68952	NC(=O)C1CCC(c2ccccc2)C1	TargetDiff	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68953	COC(=O)NCc1cccc2c1=NC(=N)CC=2	TargetDiff	5O1D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68954	O=C(O)CCC1(O)CC(O)C2OC3(NCC21)C(=O)NCC(C(O)CO)C(O)CC3O	TargetDiff	4Y4J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
68955	COC1C(O)C(O)(O)C1C1C=C(O)C(C2=NCC3C4CCCC(CC4)N23)C=N1	TargetDiff	4Y4J	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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