DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
69016 CC(O)=C[C@@H]1C[C@@H]2[C@H]3CCC[C@@]2(C3)C[C@H]2C3=C(C[C@H]4CCC[C@H](C4)[C@H](F)C3)SC[C@H]12 TargetDiff 4QEV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69017 CC1=C(NC(C)(C)O)CCC1C1(O)CC(=O)NC(O)(c2ccccc2)C1 TargetDiff 4QEV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69018 CC1=CCC(C(=O)N2C(=O)C3=CC(C(F)(F)F)C=CC3C3C=C(N)C=CC32)=CC1 TargetDiff 4QEV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69019 CCc1ccc(C(C2C=CC=CC=C2)C2COC(=O)N2)nc1 TargetDiff 4QEV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69020 CC1CCC2CCCC(O)(F)CC2C2CC(CC3OCCC32)C1O TargetDiff 4QEV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69021 CC(N)C(=O)NC1=NC(O)(C(CCO)OCO)C(O)C1 TargetDiff 4V27 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69022 CC(N)NC1CC(O)C(O)C(O)C1CC(O)CC(=O)O TargetDiff 4V27 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69023 O=C(OO)OC12COC(O)C1OCC1C(O)CCCCCOC3CNC(=S)/C3=N\C(=O)C12 TargetDiff 4V27 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69024 CCOC(C1C(O)C(O)CC1(C)CCO)C1(O)C(=O)N(CC)C(=O)C(NO)C1O TargetDiff 4V27 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69025 N=C(NC(O)(C(O)CC1CCCC(=O)N1)C(F)C(O)O)c1ccc(C(=O)O)cnc1=O TargetDiff 4V27 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69026 CC(=O)O[C@@H](CCC[C@H](F)C(C(=O)C(=O)F)C(F)F)[C@H](O)[C@H](C=N[C@@H]1C[C@@H](O)C[C@H](O)C[C@H]1O)CO.F.F TargetDiff 4V27 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
69027 NC(C1CCCC1=O)C1CN(CC2CCOC2)CC(CO)C(O)C1N TargetDiff 4V27 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69028 OCC1(O)OCC(NCC2C=CN=CC(O)=C2)C1(O)CC1CCCC1 TargetDiff 4V27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69029 CC1(F)CCC(CCC2CC(O)(O)CC(=O)O2)C2CCC3CCC4CC3C2(CF)C1C4 TargetDiff 4V27 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
69030 O=C1CCCN1.O=P(O)(CO)C(O)c1ccc(C(F)F)cn1.OC1CC(O)C(CC2CC=COC2)C1O TargetDiff 4V27 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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