DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70951 CC1(O)C2CC(O)C3(O)C(=O)NCC4C(O)C(O)CC(OC(=O)C2OC13)C(=O)COC1C(=O)OC(=O)OC2(OOC(OC(=O)C3CC(=O)OC5CCC1C53)C2O)C4O TargetDiff 4MQ6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70952 CC1=C(C)C2CCC(C(C)C)C3(O)CC(OC(=O)C4CC(=N1)C42)C3(O)CO TargetDiff 4MQ6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70953 CCc1cc(C)ncc1NCC(OCP(O)O)C1OC(P(=O)(O)O)C(O)(O)OC1(O)C(O)C1COC(C)CC1C TargetDiff 4MQ6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70954 CC1(O)COC2=C(c3cccnc3)NCN21 TargetDiff 5HVS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70955 OC1=CC(O)C(O)C=CC1 TargetDiff 5HVS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70956 CC1=C2NC(C(C)(C)O)CC2CC1=O TargetDiff 5HVS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70957 O=C(O)CCCc1ccncc1 TargetDiff 5HVS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70958 N=C1C2=C(CCN2)N=C2c3oc4c(c3CC12)C(C(O)CC(=O)O)=C(N1OCCC1=O)C4 TargetDiff 5HVS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70959 CC1C(=O)Cn2c1nc1c2CC(C(N)(O)O)C1 TargetDiff 5HVS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70960 CC(=O)C1Cc2c(oc3c2CN(C(=O)C(C)C(C)O)N3)CC1CNCN.N=C1CCCN1 TargetDiff 5HVS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
70961 CN(CCO)CCC(=O)O TargetDiff 5HVS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70962 CC1CC2C(=CC=C(C(C(F)F)C(F)C(F)F)C2F)C1=N TargetDiff 5HVS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70963 O=C1C=CC2=C(C3=NOc4cc(C5C=CCC=C5)ccc4N3)NCC2=N1 TargetDiff 5HVS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70964 COCC1C=C(CC2CCCc3ccncc32)C2=C(OCC2)C1=O TargetDiff 6I5G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70965 CC(O)C1CC(N2CC3=C(C=C4CCC5=C4N3C3C=CCNC3=NC5)N2)C(C2C=CCC=C2)N1 TargetDiff 6I5G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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