Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
70981	COC1=C2OC3=CCC=C(OO)C3COC2C(OO)=C(O)C1	TargetDiff	5KH3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70982	NC1=CCC(=C(O)C(=O)O)C=C1	TargetDiff	5KH3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70983	O=C(Nc1ccc2cc(F)ccc2c1)C1C/C=C(/F)CC2C=C(c3ccc(F)cc3)C=C3N=CC=C1C32	TargetDiff	6FNJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70984	CC1=NC(NC2=NC3=CCCCC3N=C2)=N[C@H](C)[C@@]1(O)[C@H]1CCC(=C2CNNN2)C1	TargetDiff	6FNJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70985	CC1CN=C(N=CNC(=O)N[C@H](Cl)CC(=NCC2=CC=C(O)C(O)C=C2)C(C)C)N1	TargetDiff	6FNJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70986	CN1CC2=CC(=N)N=CC2=NC1=Nc1ccc(F)c(NC(=O)N[C@H](CCO)OC(=O)[C@@H]2NCN[C@H]2C2=CCCCC2)c1	TargetDiff	6FNJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70987	O=C(NC1=N[C@H]2C(NO)=C(O)[C@@H](C=C3C=CC=C[C@@H]3Cl)C[C@@]2(C(=O)O)N1)C1C=CC=CC=C1	TargetDiff	6FNJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70988	O=C(O)CCCNC(=O)C1=C=C(F)/C=C\CN(C2C=C(F)C=C3CNNC3=N2)N1	TargetDiff	6FNJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70989	C=C(N)c1cccc(C2=NC3C4=CC=CC=C(C(=O)N5CC6=CNCCNC6C5)C4CC3=NC2)c1	TargetDiff	6FNJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70990	CC(c1ccc(O)cc1OC(=O)C(O)C1=CCC=C(O)C1C1C=CCC=C1C1=NC2=CC=NC(=N)C2CC1)C1CCCCC1	TargetDiff	6FNJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70991	CC1=CC=CC=C2C(C3NC(C)C4=C3C(c3cnc5c(c3)C=NCC=C5)C4)C(=O)N(CP(=O)(O)NCC3Cc4ccccc4C3)C12	TargetDiff	6FNJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70992	CC(=O)C1C(=O)NC2C3=C(CC=CC3)C(C(=O)O)C21	TargetDiff	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70993	C=C1C2=CC=C3C(O)CC(O)OC(CCCOCCCC13)NC1CCCC(C)C(O)COCCC(NC1)OC(=O)C(=O)OC1OC(C=CC1O)C1(O)CC(O)C(C)(CC2)CC1CC(C)O	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70994	NC(O)(O)C(OC1C=NC(=O)NC1=O)C(OC(=O)C(O)C(O)CO)C(=O)OP(O)O	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70995	O=C1C=C(O)C(C(CO)c2ccccc2)C(=O)N1	TargetDiff	3GS6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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