DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
71011 O=C1N=C2CCC3CCCC4CNC=CC4C(O)CN(O)C(=O)c4ccccc4C1=CC23 TargetDiff 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71012 CC(C)(OC(=O)CS(O)(O)O)C(O)=C=C(O)C1OC2CCCC(=O)C(COC1CO)C2 TargetDiff 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71013 NCCOCC(CCOS(=O)O)C(O)CC(O)C(N)=O TargetDiff 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71014 CCC(Cc1ccccc1C1CCC2(CC1)CN(OC(=O)NC(C)=O)C(OC)O2)P(O)O TargetDiff 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71015 O=C(CCC(=O)N1C(=O)CCC2CC3CNCN3C21)CC(=O)NC1=CNN=NC1 TargetDiff 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71016 CC(=O)C(O)C(C)C(=O)NC(CO)C(O)CCC(=O)O TargetDiff 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71017 CNCC1C=CCC(C(O)C(O)C(O)CC(O)CP(=O)(O)O)=C1 TargetDiff 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71018 CC(CC1C(C(=O)NC(=O)CC(=O)O)CC(O)C1O)NS(N)(O)O TargetDiff 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71019 CCCC1C(=O)NCC(CC(=O)O)OC1CC(O)C(O)P(=O)(O)O TargetDiff 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71020 COC(=O)CC(O)C(O)C(O)CC(=O)CC(=O)O TargetDiff 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71021 O=C(O)C1CC2(O)NC3C(O)CCCC(O)C3CC2c2ccccc21 TargetDiff 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71022 CCCCC(O)COC(C)(CCC(=O)O)C(=O)O TargetDiff 3GS6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71023 CCC(CC(O)(O)C(OC1CC=CC=CC1OC)C(=O)O)C1C=CCC(Cl)=C1 TargetDiff 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71024 CC(=O)OC1OCCC(O)C(O)C(CO)C(O)C(O)OC1=O TargetDiff 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71025 CNC1=C2CC=CCCC2N=C(NC(=O)CC(=O)O)C1CO TargetDiff 3GS6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

71011 to 71025 of 73725 items. Total 4915 pages.