Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
71056	CC1CCC(C(C)C)C(C(C(=O)O)C(O)C2OCC(C)OC2=O)OC(CO)C1	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71057	CNCC(O)C(O)C12OC(=O)C(O)C(=O)C(O)C(O)(O)C(O)C1(O)C(CO)O2	TargetDiff	3GS6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71058	CO[C@H]1CC2CNC3=C2C1OC(=NC[C@@H]1C=C2C=CC4=C(OCO4)C2OCC1)C3=N	TargetDiff	6NO9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71059	CC(F)=C1CCC#C/C(O)=C2/N=CC=CC2COc2c(O)cccc2C1	TargetDiff	6NO9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71060	COC1=CC(=CNC(=O)C2=C3C=C(c4cccc(F)c4)CC=C3CC2)CC(F)=C1O	TargetDiff	6NO9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71061	Cc1ccc2c(c1)C1=C(C(=O)OC1Cl)C(=O)N1CCCC21	TargetDiff	6NO9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71062	O=C1ON=C(c2ccc(O)cc2)C1=C1CCNN1	TargetDiff	6NO9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71063	C=C1NCCCc2cc(cc(N(C)CN)c2)C2=CC(O)C=CC(=C2)S([O])([O])C2C=CC=C1C=C2	TargetDiff	6NO9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71064	CCc1ccc2c(c1)NCNC(C)=C2CC1CCCC1	TargetDiff	6NO9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71065	O=C1N=C2CC3=CC(=O)C4Nc5cccc6c5C4=C3C2C(=C6O)N1	TargetDiff	6NO9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71066	CS([O])([O])C1C=C2C=CC3=C(CNC3=O)C3CCC4C=C(O)C=CC4C(=C1)C23	TargetDiff	5FNR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71067	CC1=CC=C2Nc3ccccc3C(=O)C3OCCCC(CC4COC1C2C4=O)C3F	TargetDiff	5FNR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71068	CCC(C)C(N)C1=C2C(=O)c3ccccc3N2C(=O)N=CC1	TargetDiff	5FNR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71069	CC1CCN1C1C(O)C2C(CC(=O)O)C(O)(c3cccc(C(F)(F)F)c3)CN21	TargetDiff	5FNR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71070	CC1=CC(=C2C[C@@H](O)[C@H]([C@H](C)O)C(=O)[C@@H](C=N)[C@@H]2[C@@H]2CCc3ccc(OCC4CCCC4)cc32)CC=C1F	TargetDiff	5FNR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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