Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
71086	N=C1N=NN=C2N=C(C3(O)COC(C(=O)CNC(=O)CCOc4ccccc4F)CO3)C=NC12	TargetDiff	5H5F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71087	N=C1CCNC2=C3CCC(=C3CN2)COCN2C[C@H](C(=O)CO)[C@@H](C[C@@H](O)C(=O)O[C@@H](ON=C3C=CC=CC3)C3=CC(O)C(=C(F)[C@@H]3O)C1=O)C2=O	TargetDiff	5H5F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71088	CCC(O)(O)CC1CC2C(O)C(C)C(C(O)CN3C=CNC(=N)C4=CC(F)C=CC43)C(O)C2O1	TargetDiff	5H5F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71089	CC1(O)OCCOC2CC=C(C(=O)O)C3=C2N2CC4=C(N=C2C3)C(=N)NC=NC4C2CC1O2	TargetDiff	5H5F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71090	N=C1NSC2CCC(O)C(O)(O)C3CC(CC(=O)O3)CC(OC(=O)O)C(=O)NC3=C(NCC3)NCC12	TargetDiff	5H5F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71091	CC(O)C(O)C(=O)N1CNC2=NC(=N)N=C(NC(CCP(=O)(O)O)OC(=O)O)C21	TargetDiff	5H5F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71092	CC1C=CC(CCCC(NC2CC(N3CCCOC4C3=CN=C3C=CC=CN34)CC2=O)C(=O)O)C=C1	TargetDiff	5H5F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71093	CCC1C(F)NN2CNCC2C(=O)C1C	TargetDiff	5CP5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71094	O=C1CCC2(C1)CC1=C3C(=CCCC1)CNC32	TargetDiff	5CP5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71095	OC1=C2C=Nc3ccccc3C2C=CC=C1	TargetDiff	5CP5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71096	O=C1C2=C(CC(C(F)F)C2CO)N2c3ccccc3OC12	TargetDiff	5CP5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71097	CCN(C)C1CCCC2C(=S)NC(=O)C3C4CCC4CC4CC(C1)C2C43	TargetDiff	5CP5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71098	CCNC1=NC2CC=C(F)C=CC2C(C)=C1C=O	TargetDiff	5CP5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71099	O=C1CCCCC2CCCCCC12	TargetDiff	5CP5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71100	CC1CCC2=C3C(C1)C(=O)N(C(C)(C)C)C3OC2C	TargetDiff	5CP5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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