Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
71101	CC(C)CCCC(O)C1=C2C(=O)C3CCC(C)CC3C2CC1	TargetDiff	5CP5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71102	O=C1N=C2C=CCC=CC2=NC1C(F)(F)F	TargetDiff	5CP5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71103	CC(O)C(O)C(O)OC1OC(=O)C(O)C1O	TargetDiff	5MNR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71104	CCC(O)(O)N1C(NC(O)(O)C(=O)NC2=C(CO)C(C)C(C)C2)C(O)C(C)(O)C1C	TargetDiff	5MNR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71105	CCC1=CC(O)CC(CNC(=N)CO)C=C1.O=C1CCCN1	TargetDiff	5MNR	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71106	CC1NNC2=C1CN=C(CNC(=O)C(O)P(=O)(O)O)N2	TargetDiff	5MNR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71107	COC(O)(OC1(O)C(O)C(C2C3CCC(O)N3C(C)(O)C2CO)C(O)(O)C1O)C(O)C(=O)O	TargetDiff	5MNR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71108	CSC1(C)OC(C)C(O)N1C(=O)OC1C(=O)NC(c2ccccc2)C2(O)CC(C)OC12	TargetDiff	5MNR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71109	O=C1C2NC=NCC=C2CC1C(O)C(O)(CCl)c1ccccc1	TargetDiff	5MNR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71110	COP(=O)(O)NC(=O)C(O)CCC1C=NC(=O)C(C)=C1O.O=C1CCCN1	TargetDiff	5MNR	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71111	CC(O)(CO)C(O)CC(O)CC(=O)NCC(=O)O	TargetDiff	5MNR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71112	CC1=CCC=CC1CC1C(O)=CC2CC3=C=C(C=CC=C3)N(C)NC2=C1CCCC(N)=O	TargetDiff	5IE1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71113	CCN(C=O)c1cccc2c1CC1=C3C(=CCC(F)=C3CC(CC(C)N)=N1)C2	TargetDiff	5IE1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71114	CC(O)C1=CC=CC2/C(N(C)C(C)C)=N/CCCCCc3cc(F)cc(n3)NC12	TargetDiff	5IE1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71115	CC1=CC=CC=C[C@H]1[C@H]1C=C(C=CN=c2c(CO)cc([C@H](N)CN)nn2-c2ccccc2)CC=N1	TargetDiff	5IE1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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