Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
71161	O=C1C=C2C3=CCC(F)C=C3NC(=O)C3CC(O)(O)C=C(NO)C(=O)N3C2=CC1	TargetDiff	5CC2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71162	O=C1OC2(C3NCNC3=O)CCC(CO)C(COF)C2CC1O	TargetDiff	5CC2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71163	C.COC1CC(O)C1C(=O)OCC(F)C(C)(CCCOCC(=O)O)C(O)C(C)O.ON1CCC2CCCC1C2	TargetDiff	5CC2	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
71164	CCOC1=CC2CN3C(OC4=CCC=CC4)=CC(C(=O)O)CC3C3CCC(=O)OC3C2C=C1	TargetDiff	5CC2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71165	COc1ccc(F)c([C@@]2(N)C[C@H]3C(=NCN)OC[C@@H](C(=O)O)[C@H]3N2O)c1	TargetDiff	5OXK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71166	O=C(O)C1C(=O)NC2C(O)C(C(O)c3ccccc3)CC(O)C12	TargetDiff	5OXK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71167	NC(=O)C(=N[C@H]1Cc2ccc(O)c(N)c2C1)NC(=O)CC(=O)O	TargetDiff	5OXK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71168	CC1=C2C3CC(C)(F)C4(C(O)CCCC4N/N=C4/NCCCN(C)C(N)=C=C43)C2NC1=O	TargetDiff	5OXK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71169	CC1(O)C(CO)C(O)CCCC2NC(CC(O)C3=CC(N)C(O)=CC3F)C(O)N21	TargetDiff	5OXK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71170	CC1CN2CC3N4C(=O)OCC4OC(C(=O)O)C3(CO)COC2O1	TargetDiff	5OXK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71171	CC1=CN=CC(S(O)(O)O)C1C1CC(C2(O)C(O)C(=O)C(C)C2N)C(O)N1	TargetDiff	5OXK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71172	CN1CCC(C2=CCN=C(C(F)F)C2O)CC(C(=O)NCC2CCCC2)C(=O)N(O)C(=N)NOC2CCN(C2)C2N=C(c3ccccc3)CCN2C1	TargetDiff	5OXK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
71173	O=C1CC=CC2=C1N1C3NC(=O)C(O)C(O)C(O3)C3C=CNC=CC3C1C2	TargetDiff	5OXK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71174	CCN1CCC2(CC1O)NC1CCC(O)C1C(CO)CC2O	TargetDiff	5OXK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71175	Cc1ccnc(C2CN(C(C)CC(=O)CCC(O)C(NC(=O)NCC3C=CC(CO)N=C3)c3ccccc3)C(=O)C2O)c1C	TargetDiff	3WGG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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