Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
71221	C[C@H](CCCN)CNC(CCC(=O)O)=N[C@@H]1C=CCC(=N[S@](C)=O)[C@H]1OCO	TargetDiff	5CBR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71222	CCC(=O)OC1NC2C(C(=O)O)NC2C(O)C(C(N)=O)C(C(C)O)OC1C	TargetDiff	5CBR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71223	N[C@H]1CNC[C@@]23CCC[C@@H](C[C@@H]2[C@@H]1N=C[C@@H]1CC[C@H](Cl)C1)[C@@H]3O	TargetDiff	5DRR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71224	CC(O)C1=CC(F)=CC2C1CCC1C(C(=O)O)C(O)C(C(O)(O)CO)C21	TargetDiff	5DRR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71225	NC1CCOC2C1C(CO)C1=NC(c3cccc(F)c3)=NN(C(=O)CO)N1C2CO	TargetDiff	5DRR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71226	CC1CC2CC(O)C(C3OC(CO)C(O)C(O)C3O)N2C1.COC1CCC2(CCCC(Cl)C2)C1	TargetDiff	5DRR	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71227	CC(=O)OC(=O)CC(C)CNC1CC(N)CC(CC(O)CO)C1	TargetDiff	5DRR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71228	COC1=CCC(N2C(C3C=CC(Cl)C=C3)CC(O)C3C2CCS([O])([O])CC3(O)O)C=C1	TargetDiff	5DRR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71229	CCC1CCC(=C2CC(O)=C(N3[C@@H](CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]4[C@@H]3[C@H](CC)CCN[C@@H]4C)C2)S1	TargetDiff	5DRR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71230	CC(=O)OC(C)(O)C1=C2C(=C(O)C(O)(O)C(O)(CO)OC2C)C2=C1C=C(C(F)F)CC2	TargetDiff	5DRR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71231	CC(=O)CC1(O)CC(=O)N(C2CCOC2)C(O)(c2ccc(C(=O)O)cc2)c2cccc(c2)CN1	TargetDiff	5DRR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71232	CC1CC(CO)CO1.COC(=O)C(CO)C(O)C(C)(O)C(N)=O	TargetDiff	5DRR	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71233	CC(O)CCCC=C=C1CC=CC=C1OC(=O)C1C=CNC(=O)C1	TargetDiff	4URY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71234	O=C1NCCCN([C@H]2C[C@@H]([C@H]3CCNC3)O2)C1=NC(=O)c1ccccc1	TargetDiff	4URY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71235	C[C@@H]1c2c(O)cccc2[C@@H](C[C@H](O)C(=O)N(C)C)[C@@]1(O)ON=C1CC=C(O)CC1	TargetDiff	4URY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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