DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
71251 O=C1OC(=O)C(C(O)C(=O)OP(=O)(O)O)C(OO)CC1O TargetDiff 6CZE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71252 NC(=O)C(COCCCC(O)CO)CP(O)O TargetDiff 5OTC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71253 CCCC(CCC)C(=O)O TargetDiff 5OTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71254 N=CCCC1C(=O)OC2CC(O)(O)CC21 TargetDiff 5OTC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71255 NCCCC(CN)C(=O)O TargetDiff 5OTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71256 N=C1CC=C(C(=CC(=O)O)[C@H](O)[C@@H](O)F)CN1 TargetDiff 5OTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71257 C=CC.CO.O=C(O)C1C=CC(F)=CC1.O=C(O)C1OC2(O)C(O)C(F)CC2C1O TargetDiff 5OTC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
71258 NC1=C(F)C=CC(C(O)(O)C2(F)OCC3OC(=O)CC4=C3C2CC(N)(O)C(O)C4)C=C1 TargetDiff 5OTC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71259 N=C1C=NC=C(C(CC2C(O)CCC(O)C2O)P(=O)(O)O)CC1 TargetDiff 5OTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71260 CCC1CC(C2CC=NC(=O)C2)(C(O)C(=O)O)CN1C(=O)O TargetDiff 5OTC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71261 CCCc1cc(C2NNC3C2C(C)N2CNC(=O)C32)ncc1O TargetDiff 4CWN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71262 COc1ccc(C(C)C2C=C(C=N)C3(C)C(=O)CCC(F)C3N2)c(Cl)c1 TargetDiff 4CWN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71263 COC1CC2=CC(C(C)C)=CC3=C(CCCCC3)C2C=C1CCCC(=O)O TargetDiff 4CWN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71264 NC=C=C1CC=C(O)CC1C1C=CCC=C1NC(=O)C1=CCC=C2N=C3NCCN3C21 TargetDiff 4CWN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71265 CC1=NC2C3=C(C1)NCC3=CN1C2OC2C=CC(Cl)C3C2=C(NN2CNC(=O)C32)C1(C)O TargetDiff 4CWN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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