Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
71281	CCC1C2CC(CCCCCCCCCO)(C(N)C2=O)C1O	TargetDiff	4QF9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71282	CCN(C)CC1=CC=CC(CC2CCC(C(C)CO)OC3C2=CC(O)=C(O)C3C)C=C1	TargetDiff	4QF9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71283	O=C(O)C1CC2NCC(C(O)CC(O)CO)C2NCN1	TargetDiff	4QF9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71284	COC1=C2C=CC(F)=CC2C(N(CO)C2CCCC(C(C)C)C2C(N)=O)C1	TargetDiff	4QF9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71285	C1COCO1.CNNC(=O)[C@@H]1OC[C@@H]2O[C@H](C(C(=O)O)=C(O)C=CCCC(=O)O)[C@H](N)CN2C1=O	TargetDiff	4QF9	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71286	C=C1C(C(CO)NC(=O)O)CCC(O)C1C(F)CF	TargetDiff	4QF9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71287	COC(=O)NCC1OC2C(O)CCC2(O)COC1C(=O)O	TargetDiff	6FYZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71288	COC(=O)C(=O)OC1C(C(=O)CO)ON2C(=O)C(C(O)CO)OC(=O)CC12	TargetDiff	6FYZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71289	C1COCN1.O=C1NCN2CC3(O)OCC3(O)C(=O)N=C12	TargetDiff	6FYZ	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71290	CC(=O)C(=O)NC1OC2(C3(O)C(=O)NNC3=O)OC1C(=O)C2O	TargetDiff	6FYZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71291	O=C(O)C1Cc2ccccc2CC1OCC1CCO1	TargetDiff	6FYZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71292	CC(O)C(O)C12CCCC(C)(C1)C(C)C2S	TargetDiff	6FYZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71293	O=C(O)CC(C1CCCCNC(=O)N1)C(O)(O)O	TargetDiff	6FYZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71294	OC(F)C1c2cccc(S(O)(O)OCc3ccc4c(c3)CCO4)c2C(O)C1O	TargetDiff	6FYZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71295	CC(O)(O)C1C(O)C(O)(O)C(O)C1(O)C1=CCN=CC1	TargetDiff	6FYZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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