DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
71311 Cc1nccnc1C1C(C)CCCCC1CCCC(CC(C)C)N(CO)C(N)=O TargetDiff 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71312 Cc1ccc(C2C3C=C(O)CCC3=CC3C(NCCOC(C(=O)O)C(C)CO)CC4(O)CCC4C32)nc1 TargetDiff 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71313 CCN(C(C)=O)c1c(N=c2ccccc(N)c2)ccc(F)c1F TargetDiff 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71314 COC(C)NC(CC1C=C2C3=CCN=C(C)C3NC(=O)N3C2=C(C1)CC3F)C(C)O TargetDiff 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71315 CCCC1=NC(C)=NC2=CC(OC(C)C(O)CO)=Cc3c(C)nc4n3C2C1C4 TargetDiff 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71316 CC1(Oc2cc(=O)n3oc4c(cn5c3c2C=C2CCCC25)CC=CC=4)CCC(N)N1 TargetDiff 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71317 CC(CNF)CC1CCC2CCC3C4CCOC(C)(C)C4(C)C(CCC4C=CCN=C4)C3(C)CN2O1 TargetDiff 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71318 O=C1NC(=C=COC2C3CC4CCC2C4(O)C(NO)C3)C2=CC=CC=C(O)C12 TargetDiff 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71319 CCC(N)CCCCCCCC1CN(C)C2=CC3C=C(O)CC(O)=C3C=CC21 TargetDiff 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71320 COC1=CCC=C2C1OC(C1OCC(C)N1C(=O)c1cccc(Cl)c1)C2C TargetDiff 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71321 CCC(CC(=O)C1=NC2C(CNC(c3ccc(C)c(C)c3)C(O)CC)C=CNC3C(=O)OCCN1C32)CC(N)CCO TargetDiff 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71322 COc1ccccc1C1=NC2C(Cc3cccc(Cl)c3)=CC=C3OCC(O)CC(OC)N(C1)C32 TargetDiff 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71323 COC1=CC2C(=CC1)OCC21C2=CCC=CC2NC2c3c(cccc31)C(C)C2C(C)CCO TargetDiff 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71324 COCCN(C)OC1CCCCC2C(C)COC(=O)Cc3cc4cc(n3)CC(Cc3cccc(c3)CC12)NC(CO)C(C)C4 TargetDiff 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71325 CN(C)CC1=C2CNC(NC3C(NCCCCCCCN)C=CC=CC3N3CCCCCC3)=C2CC1 TargetDiff 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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