Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
71326	CC(NC(C1C=CC(C(=O)O)C2=CCC=CC2=C1)C1CCC1)C(O)C(=O)O	TargetDiff	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71327	CCC(CC(N)=O)C(O)C1CCC2C1C(CC)CCC(C)(O)C2OC(CO)CO	TargetDiff	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71328	CNC(N)(O)C1C=CC=CC2C3C=CCC(C(C)(C)CC(N)=O)=CC3CC3C(C)CCC3OC3C=C(CC=C3OC)C21	TargetDiff	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71329	CC(O)C1CC2=C(C3C=CC=C(O)C3O)C=CC(CCC(C)(N)O)C2C1	TargetDiff	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71330	COC1=C2C=CC=CC2N2C3C=CC=CC3C3CC(CC4CCNC(C)(C)C4)C3N2N1	TargetDiff	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71331	CC1=CC(Cl)C=CC1C1=CCN(C)C2N=CC(C(C)(C)C)N(CCCCN)C12	TargetDiff	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71332	CC(C)OC1OC2=CC3C4CCC5(C)C2C(C4)C(OCCCCC2CC4(O)CC(CO)C(C(C)(O)C6CC(CC(CO)C6O)C3O)C4(C)CC2=O)C15	TargetDiff	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71333	C=C(CC(C)O)C1(NCCC)NCC(C)CNC(CC)CN(C)CNC(C2C=CC(CO)N=C2)CN1	TargetDiff	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71334	CC1CCC(C)C1C(C)C1C2=C(CCN2C)CC2C3CCC(O)C4C(=O)N(C)C(C34)N(C(C)(O)O)C21	TargetDiff	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71335	CC=C=CC1CCC2C(C(O)COC(CO)C(CO)C(CCC(C)N)C3CCCC(CC3)C1)C1C(O)CCC3(O)C(O)C(O)C2C13	TargetDiff	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71336	CNC(=O)CCC(O)C1CC(CC(C)C(C)COCC(C(=O)NC2CCCCC2O)C(=O)OCCCC(C)C)CC(C)O1	TargetDiff	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71337	CCCC(CC(C)(OC)C(O)CCO)C1=NC2CN3CCCC(=O)C3C2=CN1	TargetDiff	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71338	CCC1C=CC2C(=C1)CC1C(C(=O)NCC(N)(O)CC)CCCC3C(C)C=CCN2C31	TargetDiff	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71339	CC1(O)NC(C2C=CCC=C2O)CC(C2(C3=CCC(CCCNO)=NC3=O)CC(=O)C(CO)C2)CC1Cl	TargetDiff	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71340	CCC(CCC1=CCC=C2C(OC(=O)O)CCN(C=O)C12)CC(C)CN	TargetDiff	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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