Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
71386	CC1=CC2=C(C(F)=C(F)C2)C2C(=C=C3CNN(C)N3)CC(CC3C=CCC=C3)C(C(CCC(=O)O)c3ccc(F)cc3)CC12	TargetDiff	5DH5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71387	C=C(NC1=CC(C)=CCC=C1)C1=C=CC(C)/C=[C]\C(=O)N1c1cc(CC)cc(NC(=O)OC)c1	TargetDiff	5DH5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71388	CC1C(C(=O)OC2CCCC2)c2cnc(CCOC(F)(F)F)cc2CN(C(=O)O)C1C	TargetDiff	5DH5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71389	CCN(CCC(=O)O)C1CNc2c1nc(-c1ccc(O)cc1)nc2N(C)C	TargetDiff	5DH5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71390	C[C@@H]1C[C@H]2[C@@H](Oc3cccc(=O)n32)[C@@H]2C[C@H]3CC(=C4C=CCC=C43)NC/C(NC=C3CCN(Cl)O3)=N\Nc3ccnc(n3)N21	TargetDiff	5DH5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71391	COCNc1cnc(C)cc1C(=O)N1C=CC=C2CN(Cc3ccccc3)C(O)C21	TargetDiff	5DH5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71392	CCC(C)C1OC2C3=C(CC=CC3)N3C(=O)C(Cc4ccccc4)c4cnc1c2c43	TargetDiff	5DH5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71393	CC[C@@H](S)N(C)C1=CC=NC(=C(C)O)C1	TargetDiff	4RJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71394	CC(=O)NC1=C2N=C(C(C)C)NC=C2CN1	TargetDiff	4RJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71395	CC1=N\CCCCOc2c(ccnc2Cl)C2=CC(c3nccnn3)=NC(C=C2)/N=C\1	TargetDiff	4RJ8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71396	CC1=CC(C2N=C(C)N=C3NNC(C)=C32)C=C(O)C=C1	TargetDiff	4RJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71397	CC(O)C1C(C)N(Cc2ccccc2)C2=C(C3=C2CCC3)N1O	TargetDiff	4RJ8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71398	NC1=C2C=CC=CC2C2CC3=C(C4COCC4(F)F)C=CC=C4NC1(O)C2=C43	TargetDiff	4RJ8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71399	NC1C=NC(C(=O)CCCCCC(=O)O)C(O)=CC1=O	TargetDiff	4RJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71400	CC1=C2CC3=C(CCN3)C3C2=C(CO1)C(C(=O)O)N3C	TargetDiff	4RJ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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