Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
71371	CC(C(=O)O)C(O)C(COCn1cnc(=O)c2nccnc21)C(=O)OP(=O)(O)OO	TargetDiff	5HWU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71372	O=C(O)C(O)C(OC1OC(O)(C(O)COP(=O)(O)O)C(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)CC2COCCC21)C(=O)O	TargetDiff	5HWU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71373	CC1=CN(C(=O)C(O)C(O)C(OP(=O)(O)O)C(=O)O)C(C(=O)O)C=C1O.NC(N)=O	TargetDiff	5HWU	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71374	O=C1C2=NCCCC2=C2COC3=C2C1CCC(O)C3	TargetDiff	5F1H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71375	CC1=CCC=C(C(=O)c2cc3c(c(N4CC5COCN5C4)n2)CCCCC3)C1	TargetDiff	5F1H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71376	CN(O)C1CC2=C(O1)C(=O)NC(C(F)(F)C(F)F)C2NC1CCC1	TargetDiff	5F1H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71377	CCCC1CC(=O)NC2CC(c3ccccc3)CC2C(=O)N(CCNCc2ccccn2)OC2C=CCC=C12	TargetDiff	5F1H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71378	O=C(O)CCCC1=C2C(=O)NCCC(O)=C2N=C2CC3=C4C=CCC=C4C(=O)CC3=C2O1	TargetDiff	5F1H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71379	OC1CCNC2=C3NCCOC4=C3C(C=C2C1)CC4	TargetDiff	5F1H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71380	Cc1ccc2c(cnc3c4ncc(Cl)cc4c4c(c23)NCC4)c1	TargetDiff	5F1H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71381	CC(=O)N=C1NC2=NC(=O)[C@@H](C)C3C(=N)NCC1=C23	TargetDiff	5F1H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71382	N=C1CC=C2C(=N1)N=C(N1CC(F)C(O)C1=O)C2NCC1C=CC=CC=C1	TargetDiff	5F1H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71383	C1=NCc2ccc3c(c2C1)COC1=C3NCC1	TargetDiff	5F1H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71384	[O]N([O])C1CC=C(C2C3=NCC4=C(CC5=C6C(CC=C5)CCN46)C3C3=CCC(F)C=C3C2O)C1	TargetDiff	5DH5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
71385	CCOC1=CCC=CC1C1CN(C(=O)C2C/C=C\C(=O)C3NC(C)=C4CC=NC2=C43)C2=C(NO1)C(NC1=NC(C)=NC1)CC2	TargetDiff	5DH5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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