DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
71356 CC1=C2CNC=C(O)C3C(O)C(C)CCC(N1)C23 TargetDiff 5J2X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71357 COc1cccc2nc3c(cc12)C(C1(O)C(O)CC(O)C1O)OC3=O TargetDiff 5J2X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71358 Cc1ccc(C(O)C2C(=O)NC(=O)C3C(O)=CC=CC32)cc1 TargetDiff 5J2X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71359 CC1C=C(O)C(O)=C2c3c(O)cc(O)cc3C(O)(O)C(O)CC21 TargetDiff 5J2X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71360 CS1(O)OC2=C3C4C(C=C2O)C(=O)NC(=O)C4C(O)CC31 TargetDiff 5J2X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71361 [O]N([O])C1=CCC=CC1C(C=O)c1ccccc1 TargetDiff 5J2X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71362 CC1CS(O)(O)OC(CCC2C3=CC=CCC(C)C3CC3NCC4NNC2=C34)O1 TargetDiff 5J2X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71363 CCC1C=CC=CC(C2CN(c3ccccc3)N=CC2CC(=O)O)=C1 TargetDiff 5J2X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71364 CC1CC2OCC3OCC(O)(O)CCC4=C(C(=C(O)CC4=O)C(=O)N1)C32 TargetDiff 5J2X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71365 C=C(C1NCNC1=NC#N)[C@@H]([C@@H](O)O[P@@](=O)(O)OP([O])[O])[C@H](O)CC TargetDiff 5HWU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71366 O=C1NC=NC2C1C=CC1CC(C(CO)C(=O)O)(C(O)P(=O)(O)O)C3CC(O)C2N13 TargetDiff 5HWU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71367 CC(O)(COP(=O)(O)OO)OP([O])[O].Cc1ccccc1OC1CNC(=O)COC(=O)OC(CCOC(=O)C2=CCC(F)=NC2)C1CO TargetDiff 5HWU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71368 O=P(O)(O)OC(OCC(O)C(O)CN1C=NC=C2C=NC=NC21)OP(=O)(O)O TargetDiff 5HWU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71369 CC1CC(OC(C)C(O)(CCOC(N)=O)C2CCOC3C=CCC(=O)C32)C(C)C(OC(C2CC(C)C(C(O)CO)C2)C2CC(C(O)CO)CO2)O1 TargetDiff 5HWU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71370 NC(C(=O)O)=C1CCCN1CNC[C@@H](O)[C@@H](OP([O])[O])[C@H](CO)COC(=O)OP(=O)(O)O TargetDiff 5HWU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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